既而引起了朝中的议论沸腾，明都察院云南道监察御史：朱应毂、明河南都指挥佥事：任应征、明福建按察佥事：李琯，相继上书予以抨击。
因为明宁远伯：李成梁，的事情有证可查，但是最终因为朝中靠山的暗中支持，才不至于治罪，等到他的靠山明内阁首辅：申时行、明礼部尚书：许国、明文渊阁大学士：王锡爵，等人相继离职之后，明宁远伯就失去了依托，最终被罢免。
12月10日叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，派遣使臣：宜尔当、阿摆斯，到建州左卫军民指挥使司面见明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，向其索要地临叶赫女真部的额尔敏城、扎库木城，这两处地方，遭到了明建州左卫军民指挥使的严词拒绝。
在此之后叶赫女真部东城贝勒又联合；辉发女真部、哈达女真部，一同派遣使臣至建州左卫军民指挥使司，以武力相威胁，继续索要土地，从而激怒了明建州左卫军民指挥使。
他下令将叶赫女真部为主的，三部女真使臣驱逐出建州左卫军民指挥使司后，又写了一封十分辛辣的书信，用来讥讽叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布寨，并让使臣当着两人的面宣读此信，以此来羞辱两位贝勒爷。
这使得被明建州左卫军民指挥使惹恼了的叶赫女真东城贝勒，自恃部众强大，并在朱舍里部女真、纳殷部女真，的支持下，抢掠了建州左卫军民指挥使司统治下的洞寨。
考虑到出于亲情关系，再加上自己已经派出兵力去东征东海野人女真部、长白山女真部、鸭绿江女真部，所以对于这次叶赫女真部的抢掠，明建州左卫军民指挥使没有发兵报复叶赫女真部。
也让叶赫女真部东城贝勒觉得明建州左卫军民指挥使，软弱无能，属于欺软怕硬之类，不足为奇，根本不把他放在眼里。
12月26日，漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、漠南蒙古土默特部首领兼大明顺义郡王：孛儿只斤·扯力克，再次入侵陕西承宣布政使司洮州卫军民指挥使司、临洮府地区。
当地守军立刻传报告急，明神宗：朱翊钧，派遣了明尚宝司丞：周弘禴，以都察院陕西道监察御史的职位巡视宁夏七卫。
上任后明都察院陕西道监察御史：周弘禴，就举荐了明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，明宁夏卫指挥使：土文秀，以及明宁夏卫总镇副总兵的义子明灵州守御千户：哱云（布延去），等部将前去平叛。
随后明陕西四镇经略：郑洛，就命令宁夏七卫火速出兵援助洮州卫军民指挥使司。
于是明宁夏总镇巡抚兼都察院右佥都御史：党馨，遂奉令派明宁夏卫指挥使：土文秀，率领一千名骑兵向西进入临洮府，以防漠南蒙古土默特部联军汇合。
这时明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，见到自己的战友都被点名出征了，就请求出战但被明宁夏总镇巡抚：党馨，给无视了，故此他就亲自到明陕西四镇经略军中请战，愿以本部三千人马与长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，一起出征。
此举得到了明陕西四镇经略：郑洛，的准许，为其送壮行酒，但是明宁夏总镇巡抚却讨厌他的越级自荐，还故意压制他，使得明宁夏卫总镇副总兵因此心生怨气。
但还是顺利出发了，再出师到达金城后，他看见各镇士兵都出于他的手下，等到击退叛贼，取道塞外回来时，敌人骑兵遇到他都远远的避开，让他有种轻视中原内外之心。
明万历二十年公元1592年正月21日，明礼科都给事中：李献可，率领六科诸臣们邹请预教明皇长子：朱常洛，合力上奏道“皇长子今以年满二十一岁到达弱冠之年，当及早进行预教，请陛下不要在继续沉浸于深宫之中…。”
此奏折一上，惹得明神宗：朱翊钧，大怒，并摘疏中误书的弘治年号，切责明礼科都给事中：李献可，等人违旨欺君，将李献可贬去一级，降为〈礼科左给事中〉调去外地，其余的官员一律夺俸半年。
但是圣旨下达之后明内阁首辅：王家屏，以为明礼科左给事中：李献可，等人所言甚切，所以拒不奉诏执行，并将明神宗朱批封还，致使明神宗大骂王阁老，无人臣之礼！
此时明吏科都给事中：锺羽正，上奏称“礼科左给事中李大人之疏，臣实赞同，愿与李大人一同治罪。”
随后明吏科给事中：舒弘绪，就上奏道“言官可治罪，但预教必不可不行。”
这让明神宗更加生气，遂将明吏科给事中调往南方，明吏科都给事中与明礼科左给事中则一并以杂职发配边疆。
再遇到明东阁大学士：赵志皋，上疏论救，又遭皇帝陛下斥责。
接着都察院左右御史、六科给事中，等多人纷纷抗疏谏争，均遭惩处，朝堂惊骇，明神宗直接将明礼科左给事中：李献可，为主的上奏之人革职除名，永不叙用。
2月10日，明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，因被人（明榆林卫兵备道副使：张继芳）举报吃空饷？而受到了明宁夏总镇巡抚：党馨，的裁抑，其实吃空饷是小事，企图招揽兵马是大事，有造反的前奏。
长子明宁夏卫指挥同知：哱承恩，也因强占民女为妾，而受到明宁夏总镇巡抚下令鞭打他二十下以示告诫。
就连明灵州守御千户：哱云、明宁夏卫指挥使：土文秀，也因为其他原因而怨恨明宁夏总镇巡抚。
恰好戍卒请求衣服、粮食，很久都没有收到，故此明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，就唆使明宁夏卫总镇左参将：刘东旸、明宁夏卫总镇右参将：许朝，犯上作乱。
于2月18日辰时，纠集部众发动反叛，杀死明宁夏总镇巡抚：党馨、明榆林卫兵备道副使：石继芳，放火焚烧宁夏卫指挥所公署、劫夺符印、开库发银、释放囚犯、抢掠居民，还杀死明宁夏卫游击将军：梁琦、明宁夏卫守备：马承先。
又强迫明宁夏卫总镇总兵：张维忠，交出敕印，逼他自缢而死！
随后明宁夏卫总镇左参将：刘东旸，自称为「宁夏卫总镇总兵」奉明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，为谋主，明宁夏卫指挥同知：哱承恩，为「宁夏卫总镇左副总兵」、明宁夏卫总镇右参将：许朝，为「宁夏卫总镇右副总兵」、明灵州守御千户：哱云，为「宁夏卫总镇左参将」、明宁夏卫指挥使：土文秀，为「宁夏卫总镇右参将」。
于是叛将宁夏卫总镇左参将：哱云，率军攻陷了宁夏卫、宁夏前卫、宁夏左屯卫、宁夏右屯卫、宁夏中屯卫、宁夏中卫，使得其余黄河以西地带城堡望风而降。
叛将宁夏卫总镇右参将：土文秀，则进攻宁夏平虏守御千户所、兴武营守御千户所、韦州群牧千户所，仅有明宁夏后卫指挥使：萧如薰，坚守城池拒不投降。
如今叛贼已经夺取了黄河以西四十七座城堡，而且渡过了黄河，准备联合河套右翼多罗土蛮部首领：孛儿只斤·著力兔歹成台吉、河套右翼多罗土蛮部太师：宰僧，进犯宁夏平虏守御千户所、宁夏后卫，等地。
就连原本入朵甘都指挥使司的漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，以及漠南蒙古土默特部兼大明顺义郡王：孛儿只斤·扯力克，也一起发兵入陕西行都指挥使司来助宁夏王：哱拜，叛乱导致陕西承宣布政使司全境震动。
3月初4日，明陕西三边总督：魏学曾，下令明固原卫总镇副总兵：李昫，率领明平虏守御千户所游击将军：吴显，赶赴宁夏卫灵州守御千户所平叛。
在派遣了明镇戎守御千户所游击将军：赵武，赶赴宁夏中卫鸣沙州，沿着黄河一带阻止叛贼南渡，自己则进驻在宁夏后卫花马池堡，充当叛贼的冲要。
3月初8日，明陕西三边总督：魏学曾，立刻向朝廷报告明宁夏卫总镇副总兵：哱拜，反叛之事。
明神宗听后即诏令明陕西三边总督调集大军进剿。
待明固原卫总镇副总兵等明将渡过黄河之后，叛军大多数都以逃跑，四十七座城堡全都被收复，只有宁夏卫、宁夏前卫、宁夏左屯卫、宁夏右屯卫、宁夏中屯卫，还被叛军们盘踞。
而河套右翼多罗土蛮部首领：孛儿只斤·著力兔歹成台吉，等与叛军遥相呼应。
叛将宁夏王：哱拜、叛将宁夏总镇右参将：土文秀，进攻明镇戎守御千户所游击将军：赵武，于宁夏左屯卫玉泉营。
叛将宁夏卫总镇左参将：哱云，则引导河套右翼多罗土蛮部首领南下攻打平凉府平虏守御千户所，当时明宁夏后卫指挥使：萧如薰，率军先入平虏守御千户所，他的夫人：杨氏，又是南直隶兵部尚书：杨兆，的女儿，贤淑而有智慧，她也帮助丈夫死守平虏守御千户所。
其中萧夫人还变卖了自己的首饰，自购食品，每天准备肉和酒，亲自上城楼犒劳将士们。
叛将宁夏卫总镇左参将：哱云，乃是叛军中最为勇猛的武将，他引来河套右翼多罗土蛮部首领猛攻平虏守御千户所，理智的明宁夏后卫指挥使就在平虏守御千户所城南关设下伏兵，自己则假装兵败，引诱叛军进入南关，又突然率部杀了个回马枪。
他一马当先，亲手用火铳射死了叛将宁夏卫总镇左参将：哱云，迫使叛军们纷纷败逃。
接着明宁夏后卫指挥使又乘胜追击，捣毁了河套右翼多罗土蛮部大营，俘获大批敌军和牲畜，但河套右翼多罗土蛮部首领却不服，他再次组织攻城。