次日10月初5日，幕府从四位下侍从兼丰后国小仓城主：细川忠兴，再次率领倭军兵临尚庆右道晋州牧城下。
当得知城中只有三千多名李氏朝鲜守军的时候，让幕府从四位下侍从非常高兴，他认为又将是一次轻而易举的胜利？
可就在倭军们架起梯子攻城时，李氏朝鲜军队却使用大炮、弓箭、火绳枪，对准攻城的倭军发起猛烈射击，使得倭军伤亡惨重，也让幕府从四位下侍从甚为震惊，他连忙下令铁炮队使用火绳枪的火力，用来掩护本部军队攻城。
但守城的李氏朝鲜军却冒着弹雨，使用石块和斧头摧毁了攻城梯，待攻城梯被摧毁后，李氏朝鲜军又在城楼上，使用火绳枪居高临下地对倭军发起射击，导致倭军的伤亡更加惨重。
双方在持续战斗了第三天后，李氏朝鲜晋州牧使：金时敏，被铅弹击中头部，伤重无法继续指挥战斗！
这被幕府从四位下侍从探知后，便又发起了更为猛烈的攻城，还试图借此机会摧毁李氏朝鲜守军们的斗志，虽然李氏朝鲜守军们坚持奋战，但却没有统一的领导，处于非常不利的地位。
此时李氏朝鲜义军统领：郭再祐，得知倭军攻打晋州牧之事，他立即率领二千余人的义军驰赴晋州牧，并发起游击战，趁夜偷袭了倭军营地。
郭再祐身穿红色绯缎所织成的战袍，率义军迅速闯入倭军营地内，突袭毫无防备的倭军士兵，并故意发出巨大声响以制造恐慌，随后便消失地无影无踪。
因此倭军对郭再祐都十分畏惧，称他为「天降红衣将军」。
经过这次袭击之后幕府从四位下侍从，也意识到如此下去幕府军队必然损失惨重，只得下令撤退，才让李氏朝鲜军队成功守住了晋州牧。
此次的晋州牧大捷与闲山岛大捷、幸州城大捷，并称为；李氏朝鲜王国在壬辰卫国战争中的三大捷，而晋州牧大捷的胜利，也相继传到李氏朝鲜八道各地，很大程度上鼓舞了李氏朝鲜军队原本低落的士气。
10月25日，在大明帝国的东北方建州左卫军民指挥所里面诞生了一位对手，那就是明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，侧福晋：纳拉·孟古哲哲，所生的儿子，明建州左卫军民指挥使的第八子：爱新觉罗·红歹是（女真文：黄台吉）。
同时李氏朝鲜全罗左道水军节度使兼三道水军统制使：李舜臣，仍兼本职，负责指挥全罗左右道、忠清左右道、尚庆左右道，这三道的水师军队。
其麾下拥有；110艘战船、110艘斥候船、士兵17000余人，专门负责打击沿海地区倭军，但恰逢大明与幕府和谈期间，因此李氏朝鲜全罗左道水军节度使兼三道水军统制使就显得有些多余了，无用武之地！
而此时，一意主和的明辽东经略：宋应昌，却发觉倭方尚未准备好幕府关白：丰臣秀吉，的投降书？
于是明辽东经略就命明御倭游击将军：沈惟敬，第四次复入倭营促谢表，明御倭游击将军于同年12月初7日，再入幕府第一军左副将：小西行长，的军营中展开和谈。
明万历二十二年公元1594年正月初3日，幕府第一军左副将：小西行长、幕府：小西飞与明御倭游击将军：沈惟敬，等人终于伪造了一封幕府关白：丰臣秀吉，的《关白降表》。
不过当时关于幕府关白提出的议和条件书，却没有报告给大明朝廷，仅仅只是围绕在大明内部群臣们商议要不要与幕府议和之事？而展开了激烈的争论。
正月20日，明神宗：朱翊钧，下诏说道“去年各大布政司灾伤，以；山东承宣布政使司、河南承宣布政使司，以及南直隶徐州、淮安府，等处尤为严重！朕屡次下令救济，不知有司是曾否奉行？百姓是否得到实惠？值此公私交困之时，不知各地除了动用国库钱粮之外，是否有急救便宜措施？各地闹事的矿徒是否已经安置归农？今日四方吏治，全不讲求荒政，牧养小民，惟以搏击风力为名声，交际趋承为职业，费用侈于公庭，追呼偏于闾里，嚣论者不能禁止，流亡者不能招徕，遇有盗贼，则互相隐匿，或故意徇私，以求免地方失事之咎，而各地巡抚、巡按官亦止知请振请蠲，不能汰一苛吏，革一弊法，如此上下相蒙，酿成盗贼之患，朕甚忧之，自今当以安民弭盗为有司之黜陟，如有仍前欺隐及玩视诏令者，当重治不宥。”
2月12日，明吏部文选清吏司郎中：顾宪成，先因反对三皇子并封王之事而触犯了明神宗，后又在一年一度的「京察」中因支持明吏部尚书：孙珑，而得罪了明内阁首辅：王锡爵。
恰逢王阁老致仕（辞官）群臣们开始会推阁臣，先前由明吏部文选清吏司郎中：顾宪成，推举明东阁大学士：王家屏，明神宗弃而不用。
他又举荐了明吏部尚书：孙珑、明刑部尚书：孙丕扬，被明神宗发怒而革去其职。
待顾宪成回到故里南直隶常州府无锡县，与弟弟顾允成共同倡议重修东林书院，之后并与明揭阳县典史：高攀龙、明都察院福建道监察御史兼广西巡按：钱一本、明光州学正：薛敷教、明太仆寺少卿：史孟麟、明安吉州判官：于孔兼，诸人一起讲学其中，每岁一大会，每月一小会。
时士大夫怀志而为当局罢斥者，多闻风响附，学舍至不能容，讲学之余，往往讽议时政裁量人物，朝内的官员亦遥相应和，由是东林之名大著。
人称顾宪成等辞官大臣为「东林党」其后，明刑部尚书：孙丕扬、明南直隶吏部员外郎：邹元标、明吏部考功清吏司郎中：赵南星，等人也相继到此讲学，自负气节，愿与朝廷相抗，是为东林党之议开始。
而浙江承宣布政使司宁波府鄞县人士，明詹事府少詹事兼翰林院侍读学士：沈一贯，以善于奉承因此得明神宗欢心，遂入内阁，成为浙江承宣布政使司派系官僚首领，人称为〈浙党〉。
东林党人以讲学联络人士，浙党人恃权求胜，从此东林党、浙党，之间互相争斗长达五十年。
5月28日南直隶凤阳行都督府颍州百姓：王自简，聚众千人发动造反，旋即遭到官军镇压。
6月20日，朝廷以明颍州兵备道副使：李骥，等俘获王自简等人有功，下令嘉奖，并各赏银有差。
10月23日，与明蓟辽总督：顾养谦，一起力主对幕府议和封贡的明兵部尚书：石星，再次上疏请尽快封贡幕府，并说道“当初幕府倭军攻占李氏朝鲜王国，是利用其威，及其退还王京、送回王子和陪臣，是讲食用，陛下慨然许封，则当尽快封之，一封而倭寇以退，李氏朝鲜王国以保，外患以息，内备以修，今倭军久住釜山浦，我朝之欲封不封，既已失信！彼之请封未封，必复生疑，故封后而勒令尽归，宜无不得，封前而数为责备，似难必行，宜一面令倭使：小西飞，进京确示予封之信，一面令侵朝倭军统帅：小西行长，即退以待册使往之，即使小西行长不敢速归，待册使至而返，亦无不可，封则李氏朝鲜王国暂安，得自为战守，若复设难成之约，则祸及李氏朝鲜王国，全罗左右道必失，我辽东都指挥使司亦难以支持，若封后有反复，臣愿自往莅，事不济则治臣罪。”
于是明神宗听后觉得有理，就让司礼监太监们去传诏幕府使者：小西飞，火速进京确认御旨，
双方在内城太仆寺内谈判，大明官员提出说“我皇陛下让我们来传话，令幕府倭军尽早退出李氏朝鲜，若你们执意不退的话？那么我朝则兴兵正罪势必要剿灭你们。”
但幕府使者就提出道“大和语：我军在受封之后，可以迅速撤离李氏朝鲜王国，但是咱们只册封而不准朝廷求进贡，其次朝廷必须与李氏朝鲜王国修好不得侵犯我国。”
由于明使不太懂大和语！因此幕府使者就和明御倭游击将军：沈惟敬，一起欺瞒明使，为了稳住他们就谎称皆以稳妥，并传递幕府的降书给明兵部尚书观看。
不明真相的明兵部尚书大喜，在场的大明官员们也很是高兴，连忙上奏明神宗，又带着倭使进宫向大明天子献礼。
12月30日，明神宗从明兵部尚书之请，命明临淮候勋卫署都督佥事：李宗城，为正使、明五军营右副将署都督佥事：杨方亨，为副使，各赐武官一品服，并带着［郡王常服］与冠冕前往李氏朝鲜王国釜山浦封幕府关白：丰臣秀吉，为幕府国王兼大明郡王。
明万历二十三年公元1595正月初3日，明郑恭亲王：朱厚烷，长子明郑恭亲王世子：朱载堉，奏请“宗室子弟，皆得儒服就试，中式者无论中外职，视才器使。”
明神宗从其奏请，后经礼部大臣会议，至明万历三十三年公元1605年12月初1日才正式施行，但规定宗室子弟和及第之后不得授予京朝官。
5月11日，明四川总督：邢玠，下令让明重庆府知府：王士琦，单骑赶赴播州宣慰使司，在松坎里收到战报接见了明播州宣慰使：杨应龙，他带手下五花大绑前来。
这一次明播州宣慰使不施展兵法，玩起了演技，把自己捆绑起来，跪在路旁痛哭请罪，还双膝下跪去迎接明重庆府知府，期间一直磕头磕到头破血流。
他还主动献出了明播州宣慰使司副使：黄元、明播州宣慰使司佥事：阿羔、明播州宣慰使司经历使：阿苗，等十二个替死鬼，以抵销自己的罪责，并认罚四万金，并协助朝廷采木。