在倭寇逃遁归国后，除了明御倭副总兵：刘綎，收留了5百倭军编入本部火铳队之外，其余留在李氏朝鲜王国的倭军要么被杀、要么投降明军加入队伍。
而东征的大明军队本应无战事之后撤回国，但是李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴积威，再度报复？
于是上奏朝廷表示要苦留大明军队善后，朝廷经过商议决定留明都察院右副都御史兼朝鲜经略：万世德，与明义州卫镇抚使：李亟勋，率三千士兵继续驻守李氏朝鲜王国，其余明军全部调回大明帝国。
12月20日，在大明帝国南方，明四川巡抚兼都察院左佥都御史：谭希思，正在重庆府綦江县、泸州合江县，一带设防拦截杨氏叛军，分别在合江县与綦江县各置游击将军一员，合江县募兵一千二百人扼守冈门，綦江县募兵二千人，扼守安稳。
怎奈前任明播州宣慰使：杨应龙，直接下令让明下赤水里长官：袁鳌，绕开守卫明军，兵临合江县城下，抓捕出卖杨氏投降明军的前任明下赤水里长官：袁子升，处于凌迟之刑。
此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反对，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鳌之位，改由袁子升长子：袁年，继任下赤水里长官。
刚刚即位的明下赤水里长官：袁年，对于自己的杀父仇人近在咫尺却不能报仇，因为有杨宣慰使的包庇，故此明下赤水里长官密切联系着上下赤水里相近的仁怀里王氏土司，打算监视播州宣慰使司的一举一动。
接着又命令士兵前去攻打，之前弹劾自己的明草塘安抚使：宋世臣，父亲：宋銮，以及明黄平安抚使：罗承恩，等人，现藏在偏桥卫城内。
于是播州叛军就袭击了偏桥卫，还向明偏桥卫指挥使：陈天宠，索要城中之人，得到宋銮、罗承恩及其下子女，惨遭杀害。
在令诸苗士兵当着父亲之面奸淫女儿，或者当着夫君之面淫妻，或裸体坐在木丛中射箭取乐。又或者烧蛇入阴转腹，人蛇俱死！还掘坟墓焚尸。
12月28日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）提前第五次来到京城朝贡大明天子，讨要文武百官以麻痹朝廷与辽东都指挥使司的怀疑，方便下次继续攻打其余女真各部。
明万历二十七年公元1599年2月初7日，明贵州巡抚兼都察院右佥都御史：江东之，下令明永宁卫都司：杨国柱，明永宁卫指挥使：李廷栋，率兵三千剿播州宣慰使司。
叛贼首领：杨应龙，派遣长子：杨朝栋、弟弟：杨兆龙、叛贼大将：何汉良，等迎敌设伏于飞练堡。
明军一鼓作气歼灭三百叛军，结果叛军佯装败走天邦囤，诱导明军进入包围圈歼之，被俘后明永宁卫都司：杨国柱，与明永宁卫经历使：潘汝资，骂贼不屈被处死。
2月21日，海西女真哈达部发生内讧，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，趁机劫掠哈达女真部。
这让哈达女真部贝勒：纳拉·猛骨孛罗，紧急向明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）求援，并表示愿将三个儿子送到建州女真八部作为人质，只请求建州女真三卫出兵击退叶赫女真部。
明建州左卫军民指挥使认为此乃天赐良机，便立即同意出兵。
而叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布扬古，得知此消息后，又马上给哈达女真部贝勒写了一封信，表示愿将妹妹叶赫女真部东城格格：纳拉·布喜娅玛拉（汉名：东哥）嫁哈达女真部贝勒，只要他抓住明建州左卫军民指挥使就行。
哈达女真部贝勒听到自己能娶叶赫女真部东城格格的消息后，他立即改变了主意，设计抓捕明建州左卫军民指挥使。
然而明建州左卫军民指挥使闻讯后再发重怒，当即发兵讨伐哈达女真部，很快哈达女真部城门就被攻破了，哈达女真部贝勒被擒。
但却没杀他，而是获赦，暂居住在赫图阿拉城，海西女真四部中曾经强大的哈达女真部宣告灭亡！
之后明建州左卫军民指挥使还采用蒙文，为建州女真八部语言配上字母，由于海西女真各部的衰弱，明建州左卫军民指挥使还主动发兵进攻东海女真渥集部。
3月初8日，明神宗：朱翊钧，启用前任明兵部右侍郎兼都察院右佥都御史：李化龙，总督四川承宣布政使司、湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司，三司军务，赐「尚方宝剑」号令调集天下兵马，用以进剿播州宣慰使司，并命明都察院右副都御史：郭子章，一起合力备战。
5月11日，朝廷调集了；四川都指挥使司、贵州都指挥使司、云南都指挥使司、湖广都指挥使司、广西都指挥使司、陕西都指挥使司、浙江都指挥使司、陕西行都指挥使司、河南都指挥使司、山东都指挥使司、万全都指挥使司、山西行都指挥使司，等地的明军精锐总计17万余人直压播州宣慰使司四境内。
待按其部署调足24万大军后，即开始了进剿准备，近邻重庆府綦江县还调集了三千兵，由明重庆卫右参将：房嘉宠，作为先锋捕杀了播州宣慰使司叛军三十人。
6月14日，叛贼首领：杨应龙，得知大战迫在眉睫，便积极谋划准备，又在播州军师：孙时泰，的建议下提但“应乘朝廷大军尚未集结之际，宜先破重庆府綦江县，直捣成都府，劫蜀亲王为质。”
于是叛贼首领就趁着官军暂未集结，而内地防守空虚之际，率重兵围攻了重庆府綦江县。
当地明军与之展开惨烈的守城战。
6月17日，明重庆卫游击将军：张良贤，在旧东溪堡与播州宣慰使司叛军遭遇，在这场遭遇战中，明军占据了上风。
6月20日，明重庆卫右参将、明重庆卫游击将军与播州宣慰使司叛军战于城下，各有伤亡，明重庆卫游击将军还被叛军包围了七层。
不过他幸运地杀出了重围，但命运却在第二天开始倒向播州宣慰使司叛军这方。
6月21日，叛贼首领率领数万兵马以众击寡，对綦江县城内实施铁壁合围，明重庆卫右参将亲自登上城楼，朝叛军施放火砖。
但很不幸的是〈火砖〉居然误入了火药桶内，导致明军士兵烧死数人，明重庆卫右参将本人也被烧伤了。
其中叛贼首领还率领军队，随即攻上城墙，与重庆卫守军进行巷战，明军力战不支，明军争先恐后从水上逃跑，这一点叛军们也看得很准。
眼看大势已去，于是明重庆卫右参将：房嘉宠，就杀死了自己的妻子，与明重庆卫游击将军：张良贤、明重庆卫百户：蒋光升，等人一道赴敌全部阵亡。
仅有明綦江县守备：胡汝宁，跳水溺亡。
播州宣慰使司叛军当即就占领了綦江县，又在播州军师：孙时泰，的建议下直取重庆府重庆卫，攻占了成都府，劫持明蜀恭亲王：朱奉铨，来为人质。
同时还用明蜀恭亲王来威胁明军，向地方守军传话说道“我只是为了扩张地盘，希望尔等回去转告朝廷，能够再次赦免我。”
然而叛贼首领却并没有长远的考虑，他只想争夺地盘，希望还像过去一样得到朝廷赦免，但在试过无效之后再加上明军不断集结，迫使他不得不撤离成都府放弃明蜀恭亲王。
并下令释放囚犯、劫财、放火、掳掠青壮男女，屠杀部分老弱居民，投尸入江，便挥师弃城而去。
在播州宣慰使司叛军铁蹄卷起的滚滚烟尘里，罹难者的尸体覆盖了江面，鲜血把江水染成了红色，县城外至大窝铺一百五十里范围内，百姓逃散，人烟绝迹……。
他在綦江县官坝堡、三溪堡、母渡堡、小河堡，等地纵兵抢劫，掳掠人口，强令部分老弱军民守营、少壮做搬运苦力，还强暴妇女，反抗者均惨遭杀害。
在綦江县扶欢堡屠杀居民，尸横遍野，血流成河。不计其数的平民尸体顺江漂出，惨不忍睹！
随后叛军先屯兵于三溪堡，立界碑于三溪堡、母渡堡、东乡坝，之间声称所占土地为［杨氏宣慰使官庄］并声称；重庆府江津县、合州，乃是播州宣慰使司故土？
只因明军屯兵于重庆府南川县、泸州合江县一带，才让叛贼首领不敢贸然挺进。
10月初7日，明神宗得知消息事情后大怒，当即就下令剥夺明四川巡抚：谭希思、明贵州巡抚：江东之，职位，以明都察院右副都御史：郭子章，代替贵州巡抚一职，在以明湖广川贵总督：李化龙，代替四川巡抚一职。
并调明四川都指挥同知：刘綎、明大同总镇总兵：麻贵、明湖广总镇总兵：陈璘、明蓟州总镇总兵：董一元，南征众将统一划归到明湖广川贵总督兼四川巡抚：李化龙，的指挥下。
还命令明湖广川贵总督驻守四川承宣布政使司重庆府负责调度。
11月初9日，叛贼首领又屯兵官坝堡，声称窥蜀，然后悄悄回师东进，焚烧东坡烂桥，使得黄平安抚使司、贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，两处所在告急。
接着播州宣慰使司叛军，又进兵贵州都指挥使司偏桥卫，前去掠夺兴隆卫、镇远卫，打通黔楚线，后兵分五路攻破贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司。
很快明湖广川贵总督兼四川巡抚，就商议要安置重兵万人，据守要害，以打通湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司通道。
但是明贵州总镇总兵：童元镇，却拥兵在铜仁府不敢上前，被革职戴罪立功，改由明四川总镇副总兵：李应祥，代替，还命明都察院右佥都御史：江铎，巡抚偏桥卫、镇远卫、镇远府，监视明偏桥卫总兵：陈辉，之师以防止勾结播州宣慰使司叛军。