此时明云南税监矿使：杨荣，非但不悬崖勒马，改弦更张，反而还怙恶不悛，先将孝敬财宝不足的几位知府投入比刑部牢狱，还惨毒百倍的北镇抚司锦衣卫「诏狱」。
还将抗击开矿的明越州卫指挥使：樊高明，打断肋骨后戴枷示众，又以求马不获继续毒虐，残酷杀害居民数千人，又进一步以取马四十匹不足数为由，擅自逮捕了明平夷卫指挥使：贺瑞凤，且令明广南卫指挥使：于可继，等人大肆宣称要尽捕；云南前卫、云南后卫、云南左卫、云南右卫、云南中卫、曲靖卫，这六个卫的将领问罪。
弄得人人自危！
3月11日，明云南前卫指挥使：贺世勋、明曲靖卫指挥使：韩光大，等将领忍无可忍，带领冤民万余人，冲入杨矿税使的官署，放火焚烧，并杀死杨荣，为民申冤，还斩杀其党二百余人，释放奴隶百人。
明神宗：朱翊钧，得知明云南税监矿使被杀后，数日不进食，且欲逮问守土官，但经过明东阁大学士：沈鲤，再三劝解，以及明司礼监左少监：陈矩，详细分析利害，明神宗才怒气稍消，命令只杀明云南前卫指挥使一人。
4月初9日，因贵州承宣布政使司石阡府苗民长官使司有叛变行为，故此明贵州总镇巡抚：郭子章，就命明贵州总镇总兵：陈璘，率部一万人攻打苗民长官使司附近的水硍山。
攻克了水硍山之后，又移师到新添屯，独攻东路，又攻克后，苗民长官使司完全与外界切断，才安定下来投降明军。
5月13日，参加万历朝鲜战争的福建承宣布政使司漳州府漳浦县同里人士，明镇海卫守备：刘志迈，被罢回家之后，与明同里庠生：程可兆，等人暗中组织群众千余人，共图起事。
5月18日晚，刘志迈带领众人在漳浦县城教场上祭旗，约定于第二天发动起事，却不料遇大风雨，便改为5月25日，并分众人各自二百人于城内外相互呼应。
同里百姓：李调梅，得知此消息后，密告明漳浦县知县：黄应举，让他主持公道。
6月初6日，缅甸军民宣慰使司东吁王朝出动大军三十万人，围攻木邦军民宣慰使司都城，明木邦军民宣慰使：罕钦叔，向大明帝国云南承宣布政使司内地请救兵，结果明军兵未至而城陷。
缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：底哈都拉摩诃达马亚扎（汉名：莽良渊）立孟密宣抚使：思礼，领其众由此木邦军民宣慰使司遂亡。
7月16日，明东阁大学士：沈鲤，上奏明神宗各大尚书要职以及六部、都察院左右侍郎官员欠缺，又遇明刑科给事中：周日庠，上奏说九卿官员欠缺，明工科给事中：王元翰，论朝政说明神宗不上朝凡事交由内阁处理导致许多大臣们，都见不到皇帝一面，忠臣无法报效朝廷！并让明神宗下「罪己诏」被皇帝拒绝。
8月21日，在陕西承宣布政使司延安府绥德州米脂县河西200里的李继迁寨，一户穷苦李姓人家里出生了一个小孩，排名老大叫（李鸿基）他的父亲：李守忠，老来得子也算是福气。
李继迁寨距他的老家长峁鄢村60多里，这里在三百年前属于大宋皇朝附属国西夏王国地界，是西夏景宗西平王烈皇帝：李元昊，建国之处世代族人都属于北魏鲜卑拓拔氏党项族后裔居住地。
9月初6日，明漳浦县知县：黄应举，经过一番策划调兵后，采取了封闭城门，大肆搜捕，把叛逆：程可兆，等十余人抓捕归案。
次日在城外的刘志迈知事已败，随即逃遁而去。
9月18日，在陕西都指挥使司延绥总镇榆林卫旧安边营柳树涧堡，一户卖猪肉的屠夫：张快，人家出生了孩子，因排名老八，且是由偏房：沈氏，所生故此取名为（张敬轩）也因家境贫寒且边境时常遭遇袄儿都指挥使司河套部蒙古铁骑入侵，使得张快家业破产。
其子女八人与其偏房，一起沦落到了靠卖草鞋、卖红枣，的地步为生，为此还饿死了4个孩子！
9月18日，河南承宣布政使司归德府永城县百姓：刘天绪，流动于南直隶凤阳行都督府临淮县朱龙桥，信奉无为教，抬集教民千余人谋划起事，自称为「李王」还制造〈妖书〉出山，声言冬至日［李王］出世。
并与众徒们购造弓刀器械、勇巾红服，李王：刘天绪，自号为〖龙华帝君〗余者各封官爵。
11月初1日申时，云南承宣布政使司临安府建水州发生地震，从下午申时三刻开始，由远而近声若雷响，城垣庙宇官府及民居相继倒塌，死者数千人。
府学、尊经阁、启圣祠、乡贤祠、名宦祠及万历二十七年新建的两舍，俱皆倒塌，临安府学宫及公私廨舍，倒坏无数，杏坛亦倒塌，连震数月方止，震中烈度（Io）VIII－VX，震级（M）为6.5级。
同时李王龙华帝君：刘天绪，还约定于12月23日，长至日乘官祭陵之机起事，后因其众：陈继学，等人惧怕事发祸及，先期告变。
被明南直隶兵部尚书：孙钅广，于12月18日，发兵捕获无为教徒四十九人，杀刘天绪一人，其余发配边疆充军。
再次上任的明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，因守不住东边建州八部之一董鄂部放牧地的宽甸六堡，遂与明蓟辽总督：蹇达、明辽东总镇巡抚：赵楫，商议放弃该地，将堡内的六万户居民全部迁到内地抚顺守御千户所，凡留恋家室，不愿迁徒者，即动军队用武力强迫他们迁居，造成死亡者不计其数，还命令辽东明军后退三十里！
此事被明兵科给事中：宋一韩、明都察院湖广道监察御史兼辽东总镇巡按：熊廷弼，两人上奏称“弃地非良策，应当分兵把守。”
还大骂明辽东总镇总兵不负责任，对此明神宗俱不听，而是继续采用了明辽东总镇总兵的建议！至此辽东都指挥使司屏障尽被撤除。
幸亏此时女真诸部族的首领人物，相继死亡，又加上朝廷重开辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，之间的马市和木市，使得各族人民友好往来，于是八年时间内辽东都指挥使司平静少事。
不过明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）也趁机把势力扩张到了明军防线，并借此机会又去京城朝贡大明天子表示守卫边疆的忠心。
明万历三十五年公元1607年正月28日，明陕西总镇巡按：余懋衡，疏劾明陕西矿监税使：梁永，私自运载大宗货物到京畿，且多用民夫马匹。
此举让明陕西矿监税使大恨，指使其党明西安府判官：乐纲，收买膳夫两次下毒，企图害死明陕西总镇巡按。
但被明咸宁县知县：满朝荐，发现他不畏强权，直接逮捕了膳夫，欲置于王法，明陕西矿监税使惧祸及己，亲率其党携兵器冲入县衙内，因县中卫兵早有防备，才让明陕西矿监税使的阴谋没有得逞。
此时西安府军民皆称明陕西矿监税使必反，但他却自称“并无反意。”
而暗地里竟养甲士数百人，伺机反抗，使得西安府咸宁县、长安县、临潼县、蓝田县、咸阳县，等地亦下令严厉打击明陕西矿监税使一伙，更让矿监党徒见势不妙，多数已稍稍离去，窜到渭南县。
明咸宁县知县闻讯，为了除暴安良，紧急提兵追击，双方打斗互有所伤，吓得明陕西矿监税使见状大为恐惧，便暗中命人藏奏书于头发里，并火速入京诬告明咸宁县知县抢劫上供朝廷的货物，且杀死税役数人投尸河中。
被明神宗得知后大怒，不问真假便命北镇抚司锦衣卫提骑抓人。
2月初5日，因新任的大明安南都统使：黎维新，刚刚嗣位，遣使来明进贡，被明神宗批准，而此时在安南都统司已经失去政权的莫氏宗党们则多流窜处滨海地区，并往往僭称公、侯、伯、名号，还不断侵犯我大明帝国广西承宣布政使司边境。
新任的大明安南都统使竟无力制止，其后莫氏宗党仍数次来犯，边境之民颇受其害。
明云南总镇总兵兼黔国公：沐睿、明云南总镇巡抚兼都察院右副都御史：陈用宾，以教化八关十二堡闻名，初期临安府教化三部长官使司自相残杀，导致；龙胜安、张德胜兄弟，支角□羊白氏一家：白麟奔，就侬氏：侬应祖、广南府苗族酋长：智高，等也相继被打残。
之后明八寨长官使：李世茂，预谋召安南长官使司兵力，以攻取教化三部长官使司获得福利时，却不料明安南长官使：武德成，颇以兵力自雄占据了临安府交冈县与明南丹县员外郎：张仲林、明蒙自县牛羊寨首领：侬金贵，联合拥兵象军十万人攻打临安府教化三部长官使司、八寨长官使司，尽躏其地。
其中明云南总镇巡抚屡遣谕书劝说，但叛贼们任然不退，使得临安府蒙自县、阿迷州、一带风雨飘摇。
明临安府提学道兼云南提刑按察使司佥事：范允、明临安府左参将：张名世，等以诸夷合兵入内地而势不可久宜，因诸酋力奋明军，在被击破之时明安南长官使，宣称“安南都统使司黎朝（黎敬宗弘定惠郡王：黎维新）的弘定七年安南黎朝国内从贼皆称王公骤用兵割据。”
意思是让他们趁着明军围剿之际，南下投降安南都统使司，这下让诸酋们不知定方向，且明军乘胜追击来势汹汹，斩其清郡公：黄文通，缚叛舍：李世茂，降其句贼者：白麟所，俘斩百四十五。
而叛贼：武德成、张仲林、侬金贵，皆以扰乱边界罪押赴京师斩首，并查侬应祖之党是否有相助？