话说早在大明附属国琉球中山郡王兼英祖仁耶添按司添：尚永，死后，其女婿琉球小禄御殿：尚宁，遣人去大明帝国请求袭封爵位。
但是明福建巡抚：许孚远，却让他请按照嘉靖年间明刑部尚书：郑晓，领封之例，遣官一员带着皇帝诏书至福建承宣布政使司，在由琉球中山王国使臣面领圣旨归国，或者派遣一位习海的武官与其使臣一同前往。
此举明神宗：朱翊钧，表示同意，可后因安土桃山幕府侵略李氏朝鲜王国，海上多事之秋，所以一直拖至万历三十四年公元1606年才始遣明礼科给事中：夏子阳，等官员册封，仍令琉球中山王国领封海上，永为定制。
二年后始完事，同时德川幕府征夷大将军：德川幕府，取代了安土桃山幕府时期的丰臣氏政权而且正在逐渐发展壮大，似有吞灭琉球中山王国的野心，
而琉球中山王国外御强邻，内则修贡不绝，人少力薄。
终于在明万历三十七年公元1609年12月11日，德川幕府萨摩藩藩主：岛津忠恒，被德川幕府征夷大将军下令派兵三千人由德川幕府大野权左卫门尉：桦山久高、德川幕府美浓守：平田增宗，的率领下，自九州岛山川港出发，入侵并攻占了琉球中山王国，而琉球中山郡王：尚宁，等君臣百余人及其宗器也被一起掳到鹿儿岛去。
其中琉球中山郡王也被德川幕府萨摩藩藩主带到了江户城。
事后明浙江总镇总兵：杨宗业，得知消息才赶忙奏报朝廷，明神宗勒令总镇、巡抚官员严查海上兵备。
此时行进到达河南承宣布政使司归德府的明潼关卫千总：吴俊振，正架着马车，又继续问道“马兄，那后来建奴，又是怎样把矛头指向大明的呢？”
于是明潼关卫把总：马维，就说道“说来就话长了且听我一一道来…。”
明万历三十八年公元1610年2月18日，齐、楚、浙，三党与宣昆党相互攻击东林党人和明东宫皇太子：朱常洛，此后不断争吵，搞得朝廷乌烟瘴气，朝政逐渐混乱不堪！
接着，泰西神圣罗马帝国传教士：庞迪峨、熊三拔、邓玉函、高一志、艾儒略，蒲丽都家传教士：罗雅谷，奥地利哈布斯堡王朝传教士：汤若望，西西里传教士：龙华民，等亦先后到达大明帝都京师紫禁城内，他们都精究天文历法。
11月初1日，在东方亚洲大陆中发生了日食现象，大明礼部钦天监所推算的日食起止分秒以及亏圆俱不准确。
礼部官因此博求知历学者，令与钦天监官昼夜推测，以期历法准确不差。
于是明钦天监属官春官正：周子愚，就上疏说“来华传教士：庞迪峨、熊三拔，等人，所带来他们国家的历法，多为中原典籍所未备者，请按照洪武中翻译《西域历法》之例，取知历儒臣，率同监官将诸书如数翻译，以补我国典籍之缺。”
然后礼部遂奏言称“我国精通历法的，如；明兵部职方清吏司郎中：范守己、明陕西按察使：邢云路，著有《古今律历考》，综采详密，为时所称，请改授京官，共理历事，又有明翰林院检讨：徐光启、明南直隶工部员外郎：李之藻，亦皆精心历理，可与庞迪峨、熊三拔，等人同译西洋历法，再由我朝参订修改。”
然而这个历法疏密，莫过于交食，欲议修历，必重测验，请命所司修治仪器，以便从事，明神宗先是将礼部的这份奏疏留中不发，
不久即召明陕西按察使、明工部员外郎至北直隶京畿顺天府紫禁城内参与历事，明陕西按察使据其所学，明工部员外郎则以西法为宗，从此西洋历法始入中原。
明万历三十九年公元1611年正月初1日，明北直隶总镇巡按兼都察院山西道监察御史：乔允升，奏称“北直隶河间府地方民众聚集至八千余人，已经起事逼近了京师附近，宜早作防备。”
这让明神宗听后，立刻命令兵部派兵，在京城内外严行缉捕。
正月16日，明河南总镇巡抚：曾用升，上奏“宗室横肆，防禁宜先。其一严禁宗室窝藏盗贼，其二严禁宗室抢夺财物，其三严禁藩王出城，其四严禁宗室出城，其五严禁宗室把持商税，其六严禁无禄宗室打死人，其七严禁宗室开张赌场，其八庶宗训责当申，其九王官辅宗当选，此九条律法当一一束以法纪，否则万一狂宗姑恶不悛，百姓铤而走险，为虎添翼，亡命之徒，为纣助虐，天下危亡之忧恐不可免。”
但此奏折送上去之后，却迟迟不见有批复。
9月13日，明王皇贵妃：王淑蓉，病危，明皇太子：朱常洛，请旨前往探视，明王皇贵妃手拉明皇太子的衣服，哭泣道“儿长大如此，吾死何恨。”
但明皇太子却大哭不止，左右宫女、太监们皆伏地哭泣。
到了酉时一刻，明王皇贵妃去世，但是过了四天都没有发丧，直到明内阁首辅兼东阁大学士：叶向高，提出意见一再上奏，这才得以发丧。
但是礼官呈上礼仪制度之后，接连五天都没有回复，最后还是明内阁首辅出面才让明神宗始赐明王皇贵妃谥号为〈肃靖皇贵妃〉葬于天寿山。
10月初5日，明福亲王：朱常洵，的府第建成之后，工部请求皇帝陛下让明福亲王回到封国藩地内，由明内阁首辅拟旨交上去，但明神宗却直接不发圣旨，并改在次年春天在让明福亲王回封国。
等到日期临近时，明内阁首辅就请求先整顿明福亲王的仪卫司、舟车，等仪仗队用度，但明神宗却不予采纳。
12月13日，又遇到明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）再次来朝进献宝物，以解除大明帝国对建州女真八部的猜忌，并恭祝大明天子天皇帝陛下万寿无疆。
更让明神宗很欣赏明建州左卫军民指挥使的表现，不仅当众表扬了他，还赐很多绢匹银两。
明万历四十年公元1612年4月初2日，南直隶都察院、河南道、山西道，山东道，等道都察院监察御史各官员们奏言“臣等历观祖宗朝二百余年以来，未有皇太子六七年不开讲而满朝催请置之不理，未有两都六部尚书、侍郎缺乏至一二人者，未有台、司空虚而长期不补者，以致诸多废堕！陛下深居二十余年，不见大臣一面，不议国家一事，长此不变，不知数年之后，有谁能与陛下共治多事之天下。”
然而明神宗依旧把奏折放一边不理！
9月12日，乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，联合漠南蒙古科尔沁部率骑兵攻打建州女真八部所属的虎尔哈路掠夺物资。
这事很快就被明建州左卫军民指挥使知晓，他率第五子明建州卫军民副千户：爱新觉罗·莽古尔泰、第八子明建州左卫军民百户：爱新觉罗·皇太极，亲征乌拉女真部，并沿乌拉河南下连夺河西五城。
在拿下金州城后明建州左卫军民指挥使便让女真八部军队停止进攻，开始安营扎寨稍作休整。
12月初1日，兵部奏称“贩海之禁，屡经申饬，不意仍有人公行无忌，查其盘验，虽非通倭之货，但脱逃可疑，应行原籍衙门拘审，并通行所属沿海军卫、有司禁戢军民，不许私出大洋，兴贩通倭，致启衅端。”
此举被明神宗从其议。
12月11日，经过休整之后建州女真八部军队，便兵临乌拉女真部城下，明建州左卫军民指挥使命令建州女真军攻打乌拉城北门焚其粮草毁其城门，还将攻占的城堡全部焚毁掉，企图彻底拖垮乌拉女真部。
胆小怕事的乌拉女真部贝勒见势不妙，连忙乘独木舟到乌拉河中游向明建州左卫军民指挥使这个岳父叩首请罪，并请求宽恕。
好在这位岳父（明建州左卫军民指挥使）也比较大方，他立马于河岸上，派人传令数落着乌拉女真部贝勒的种种罪状。
随后就亲率大军撤回，但也留下了1千军马驻扎在乌拉河边的麻虎山上，负责监视着乌拉女真部贝勒的动向。
本以为女婿能够改过自新好好过日子，然而等建州女真八部军队撤走之后，乌拉女真部贝勒马上就将怒火转移到了两位建州女真妻子身上，既明建州左卫军民指挥使的四女儿：爱新觉罗·穆库什，以及明建州左卫军民指挥使的侄女：爱新觉罗·额实泰。
曾将此二人给捆绑起来，以弓箭射向爱新觉罗·穆库什，又将她俩给囚禁起来。
明万历四十一年公元1613年正月初2日，东部地区的大明附属国李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，遂奏言道“德川幕府使者频频前来要挟和议，大有兴兵入侵之势？请大明天朝即刻选将带兵入吾李氏朝鲜王国，督同本国训练军队，防备倭军。”
当时明神宗早在之前的〈万历朝鲜战争〉时就已留下了部分明军将士在李氏朝鲜王国境内，而且教习成法俱在，不必再派军队，便命李氏朝鲜使者奉旨回国认真整饬军备。
后因德川幕府妄图再次出兵侵略李氏朝鲜王国，才有明辽东巡抚：张五典，上疏说“可用南方兵教练李氏朝鲜三道水师，在用北方边军教练李氏朝鲜步兵。”
但明兵部尚书：王象乾，却说道“出水陆两军到李氏朝鲜王国，恐路途遥远且粮饷白银难以补继，宜以华夏之事责华夏，以属国之事责李氏朝鲜王国，李氏朝鲜王国是属国，只能如此处理。”
于是明神宗批准明兵部尚书之请，