3月15日，当时乌斯藏都指挥使司为噶玛地方政权统治时代，早已经摆脱了大明乌斯藏都指挥使司与法王（当地高僧）共治的政策，由第巴（部落首领～法王）管理政事。
而卫藏传佛教宗派噶玛噶举与藏巴汗：噶玛丹迥旺波，对黄教采取压迫摧残的政策，还利用漠西蒙古青海土默特部首领：孛儿只斤·拉尊、漠西蒙古卫拉特准噶尔部首领兼额尔德尼巴图尔珲台吉：绰罗斯·和多和沁，在青海蒙古（朵甘都指挥使司）发生内讧之际。
趁机发动了一次反黄教的高潮，致使卫藏五世达赖喇嘛兼色拉寺赤巴：阿旺罗桑嘉措，不得不避往山南。
但是黄教当时在卫藏地区和青康（朵甘都指挥使司）一带，甚至漠南蒙古各地也很普遍，经过了藏传佛教格鲁派宗喀巴：罗桑扎巴，以来近180年的发展。
早就取得了广大藏族群众的拥护，因此黄教受卫藏传佛宗派：噶玛噶举，的极力压迫下，也不得不采取对抗办法。
故而卫藏五世达赖喇嘛兼色拉寺赤巴：阿旺罗桑嘉措、藏传佛教格鲁派（黄教）首领兼四世班禅：罗桑却吉坚赞，两人经过商议后，立即派出了郭隆寺僧人：纤尼、纳切化，两人化装成其他教派僧人。
在作为密使携带书信前往卫拉特部蒙古，将密信亲手交给了卫拉特蒙古四部的盟主～卫拉特蒙古和硕特部固始汗：孛儿只斤·图鲁拜唬，要求他迅速入卫藏救援。
同时卫拉特蒙古和硕特部固始汗为了扩大疆域争夺西域霸权，还主动出兵与哈萨克汗国进行交战。
4月10日，明广鹿岛左参将：尚可喜，率领麾下将领到达后金汗庭盛京城，后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，连忙出城三十里相迎，与去年招待孔、耿两人归降时同样的待遇。
为此后金天聪汗还称赞尚参将，懂得达变通权、知明运之倾危，识时势之向背，赏赐了珍宝无数，并发还先前所俘虏的，且能找到的尚氏家族成员共计27人，旋封尚可喜为〈金州卫总兵〉。
4月26日，后金天聪汗就命礼部考取知晓；女真、蒙古、汉书，三者为举人，共有16人合格，各赐衣一套，免四丁，宴请于礼部。
同时后金天聪汗在盛京城郊外阅兵，参加的有；女真八旗、漠南蒙古二旗、汉军一旗也叫［乌真超哈］既；后金汉军正蓝旗梅勒额真：马光远，麾下统领，总共十一旗兵马。
眼下再加上后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，麾下的〈天佑军〉与刚刚投降的后金金州卫总兵：尚可喜，麾下的［天助军］也被暂时纳入到汉军一旗乌真超哈当中。
如此兵强马壮又得明军重火炮以及水师兵种加持的后金天聪汗，当即在5月11日，下令集合后金大军第二次大举西征，其军队绕开大明帝国山海卫防线，从北面破长城而入。
主要目地就是借着西征漠南蒙古察哈尔部之际，顺带收拾一下明军示威。
7月初1日，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）因天花病死在了朵甘都指挥使司青海蒙古大草滩上，结束了他叱咤风云的一生。
在漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗病故后，他的遗孀们以及他的儿子：孛儿只斤·额尔孔果洛额哲，当即就率领余部从青海蒙古大草滩上，装扮成客商渡过明军防区陕西行都指挥使司西宁卫、凉州卫、镇番卫，从而进入河套地区。
7月初2日，在后金天聪汗带领下后金镶白旗台吉：爱新觉罗·阿济格，与后金吏部尚书：爱新觉罗·多尔衮、后金正白旗和硕贝勒：爱新觉罗·多铎，等人率军相继从漠南蒙古巴颜珠尔克地区分兵四路进入大明边境。
后金大军来到万全都指挥使司龙门守御千户所长城边上开始猛攻，但由于城高防御好，因此没有攻下，就连入塞之后的龙门卫守军也让攻城的后金大军非常吃力。
所以后金天聪汗为了保证士气，便下令转而从长安守御千户所一路攻打过去直到保安州、保安卫地区。
但此时保安州与保安卫虽然有军民抵挡，但是无奈兵力薄弱不能久挡，尽管如此明保安州知州：阎生斗，依旧集结军民固守迎敌。
另一边漠北蒙古喀尔喀车臣汗：孛儿只斤·硕垒、漠北蒙古喀尔喀土谢图汗：孛儿只斤·衮布、漠北蒙古喀尔喀札萨克图汗：孛儿只斤·素巴第，三位大汗相继致书问候汗王世子：孛儿只斤·额哲，希望他能够移帐到漠北蒙古坐镇。
毕竟汗王世子乃是黄金家族后裔，三位漠北蒙古喀尔喀大汗均有挟天子以令诸侯的意思？
因此在7月初8日，后金天聪汗得知消息后，立即下令回师，还以明边将扰其境杀其民、藏匿逃人为由，故意进入上方堡进围万全都指挥使司宣府镇。
很快宣府左卫、宣府右卫、宣府前卫、兴和守御千户所，四支驻军同时发铳炮反击，打得后金大军前进不得，无奈之下后金天聪汗只得往西进入山西行都指挥使司继续闯关卡。
从山西行都指挥使司蔚州（蔚州卫）、广灵县、浑源州（山西中屯卫前守御千户所、山西中屯卫中守御千户所），最后三支后金军集结在应州（安东中屯卫）。
途中后金正白旗和硕贝勒等人在应州拜见了后金天聪汗，又往西攻打了山阴县（山阴守御千户所）、马邑县（马邑守御千户所）、朔州（朔州卫）。
紧接着为了躲避明军追击，后金大军又分散跑，一路往南突破广武营、雁门关（雁门守御千户所）、代州（振武卫）最后经过五台县。
一路则往北过山西中屯卫、怀仁县、大同县（大同前卫）镇河堡、弘赐堡、得胜堡。
瞬间就惹得京师震动，气得明毅宗信王崇祯帝：朱由检，急忙诏令明登州卫总兵：陈洪范，把守居庸关（延庆卫）、明保定府巡抚：丁魁楚，等将领则把守紫荆关守御千户所、雁门关（雁门守御千户所）等地严禁东虏建奴破关夺城。
直到7月23日，保安卫城破，随即后金大军杀入保安州，全城军民均被俘遇害。
7月28日，后金军又往东攻打灵丘县，明灵丘县知县：蒋秉采，募兵坚守，但奈何四路合兵突围的后金军火力强大，最终导致明灵丘县守备：世奇、明振武卫把总：陈彦武、明雁门守御千户：马如豸、明广灵县典史：张标、明安东中屯卫教谕：路登甫，等人相继战死。
城破后明灵丘县知县：蒋秉采，也自缢而死，其家满门殉葬，后金天聪汗在晋商口中得知，继续南走有明廷设防，因此选择往北走一路由高山卫突围出去，至此大明京师内外远近震惊！
10月11日，漠南蒙古鞑靼土默特部告漠南蒙古鞑靼土默特部万户：孛儿只斤·俄木布，派人同漠南蒙古阿噜喀尔喀部以及大明使者约谈，准备一起联合进攻后金汗国。
于是后金镶红旗和硕贝勒：爱新觉罗·岳讬，就派遣伏兵邀击擒住明使，在传令漠南蒙古鞑靼土默特部捕杀漠南蒙古阿噜喀尔喀的部下。
事后还选出部分漠南蒙古鞑靼土默特部青年壮丁，编成队伍，立下条约，安定了河套地区的漠南蒙古各部，之后才与诸贝勒们会师，一同返还漠南蒙古科尔沁部坐镇。
明崇祯八年公元1635年2月初6日，后金天聪汗又命后金吏部尚书：爱新觉罗·多尔衮、后金镶红旗和硕贝勒：爱新觉罗·岳讬、后金礼部尚书：爱新觉罗·萨哈廉、后金天聪汗长子：爱新觉罗·豪格，各自率领1万人，出动第三次远征漠南蒙古察哈尔部。
主要是想争夺黄金家族所谓的大元可汗传国玉玺，顺便打乱漠南蒙古、漠西蒙古、漠北蒙古，三部的联系以方便扩大后金实力。
3月15日，追击中后金吏部尚书在西喇珠尔格地方，遇到了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的大福晋：博尔济吉特·娜木钟，当即就得知了漠南蒙古察哈尔部新任大汗：孛儿只斤·额尔孔果洛额哲，汗营所在地。
4月初8日，明泉州府总兵：郑芝龙，联合广东水师明军继续追击海盗：刘香，于岛尾巡检司时海盗：刘香，被围退无可退，自知大势已去便自焚而死。
其党千余人逃到浙江承宣布政使司被拦截，就向当地官员投降了，至此大明东南沿海地区海盗尽平。
而台湾府也处于郑家军与福建水师明军、广东水师明军包围当中，尼德兰王国荷属东印度公司驻台湾府总督：汉斯·普特曼斯，只能承诺租界台湾府与澎湖巡检司，以作为与大明帝国通商的海岸，并且抽出一部分税赋每年交由郑家军。
才勉强得到明泉州府总兵的同意。
4月20日，后金天聪汗得知漠南蒙古察哈尔部新任大汗位置，连忙带领大军渡过黄河追击而来。
4月28日，后金天聪汗带兵趁着大雾包围了汗王营帐，并派漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗三王妃：纳拉·苏泰，之弟漠南蒙古察哈尔千户：纳拉·南楚，前来劝降。
于是在四面楚歌且亲情催动下，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗三王妃：纳拉·苏泰、漠南蒙古察哈尔部新任大汗：孛儿只斤·额尔孔果洛额哲，母子俩只能捧着传国玉玺出降，至此大元蒙古帝国汗王政权正式宣告灭亡！
以黄金家族为首带头把漠南蒙古各部划归入后金汗国版图。
而后金天聪汗得此传汉人王朝历代相传的国玺，又被投降的漠南蒙古察哈尔部新任大汗为首的漠南蒙古诸部49个封建主们，尊奉为［博格达彻辰汗］意为蒙古各部大汗。