2008年同样也发生了另外一件重要的事情，这一年正是赤木直子完成MAGI系统的基础理论设定的时刻。
赤木直子的女儿赤木律子已经毕业，被调查组织Gehirn选为内定人员，现在也是E计划的成员之一。
……
赤木直子在完成了手头上的工作后，对着自己女儿律子感叹道“终于是完成了这台MAGI系统的设定，这可是一个划时代的产物。”
“它可不是普通超级电脑能比的了的，这里是具有人格移植的第7世代的有机三位一体超级生物电脑，一种将人类的逻辑思考模式移植到电脑上的系统。”赤木直子一脸兴奋的点出一些数据讲解着。
赤木直子指着屏幕上的主盘继续和律子说着，“MAGI系统是由三个主系统部分来投票决定的，分别是【MELCHIOR（MAGIsystem-1)】，【BALTHASAR（MAGIsystem-2)】，【CASPER（MAGIsystem-3)】。”
“为了确保决策的准确率，这三个系统分别移植了我的三个人格：科学家，女人，母亲来共同商讨问题。”
“这样不同的人格在决定事情的时候也会有不同的思考角度，最大程度保证决策的可行性。”
“然后最终的决策会出自于这三大系统的商议，一般问题少数服从多数。”
“特殊问题的时候尤其是遇到逻辑不通的时候，任何一个系统都可以采用一票否决制。”赤木直子感叹的说完。
面对女儿律子，赤木直子把所有的内容都详细的介绍清楚了。赤木律子也在认真的吸收所有相关知识。
研究室内，听闻系统设定好的老碇赶到。在赤木直子的解释下，老碇对于这套系统非常满意。
十分高兴的嘴角带着微笑对赤木直子说道“你也是幸苦了，不过接下来还是任务艰巨，期待你组装好这台中枢电脑。”
赤木直子第一次听到老碇这样对她说话，心花怒放的连连应道。
旁边的赤木律子在第一次看到这个男人，那略带微笑的面容和成熟的气质，仿佛心中被触动了什么。
意识到自己失态后，赤木律子脸上微微泛红起来。不过还好室内光线不是很明亮，至少别人看起来不是很明显。
老碇在和赤木直子交谈完后，发现了身边的这个女孩。他直接问道“这是？”
赤木直子这才反应过来还没互相介绍，用自己手掌对着律子后回答道“这是我的女儿赤木律子。”
“律子，这是研究所的所长碇源堂。”
赤木律子听到后恭敬的举了个躬，“很高兴见到你，碇所长。”
老碇扶了扶眼镜，微笑着道“你要跟着你母亲多学习，以后说不准还得要拜托你的时候。”
赤木律子听到这句话后脸上更红了，为了不更失态便连忙回应道“不敢不敢，我现在还需要学习的地方还很多，请多多指教。”
老碇笑了笑没有再说话了，对着母女两人挥挥手，一言不发的走了。
赤木直子有些心情复杂的看着律子，因为从来没见过自己冷淡的女儿有这样的情况。
不过赤木直子也没说什么，以为律子第一次见到所长有些不知所措。伸手拿起桌上的几份文件便带着律子继续去看不同的研究去了。
次年2009年，赤木律子的好友葛城美里也同样加入了调查组织Gehirn，不过她在德国第三支部工作。
然后在2010年，中枢电脑MAGI全部完成组装。这台MAGI系统用处十分广泛，可以管理第三新东京市政务、庞大的监视系统、处理实验资料等。
除了在日本NERV总部的“原始”MAGI外，世界各地的其他五个NERV支部都有复制MAGI系统而成的平级子系统。
在地下二层的平台上，赤木直子正十分高兴的和律子说着什么，眼角乍然瞟见了什么，就转头发现碇源堂带着一个蓝色头发红色瞳孔小女孩走过来了。
和老碇打完招呼后，赤木直子保持着微笑的问道“这小女孩是谁啊，我记得你的小孩是男孩子啊？”
老碇听完后，用手轻轻的抚摸了下小女孩蓝色的头发，缓缓开口道“她不是真嗣，我在帮朋友照看孩子而已，名字叫绫波丽。”
赤木直子看着小女孩那略带熟悉的长相，让她不禁呆呆的想起碇唯来。
三人互相聊了聊MAGI系统的组装后，再次分开。
赤木直子看着老碇和绫波丽的背影，心情十分的复杂，直到旁边的女儿赤木律子呼喊了她几次后才回过神。
赤木直子只好对自己的女儿抱歉的说道“我有点不舒服，你先去忙你的吧，我去休息下。”
来到地下的一个操纵台，赤木直子搜索起绫波丽的资料。但是她发现所有的相关情报都被删除了，没有有用信息，这让她感到非常困惑。
想不明白的情况下，赤木直子边思考边慢悠悠的四处闲逛起来。
等到反应过来的时候，赤木直子才发现自己不知不觉的走到还没启动的昏暗指挥所了。
不过她自己也是走累了，就径直朝着前面的座位走去然后坐了下来。
坐了没多久，就突然听到身后传来一阵动静。
赤木直子回头观察起情况，便发现之前司令带着的那个叫绫波丽的小女孩来到这里来。
看着对方孤身一人，赤木直子还以为她和碇源堂走散了，略带关心的开口问道“有什么事吗？丽”
绫波丽听到后保持平静的回答“我迷路了。”
赤木直子看着绫波丽那单薄的样子，心中一软。
边继续温柔的对绫波丽说道“这样啊，那跟我一起出去吧。”
绫波丽依旧很平静的说道“不用你管，老太婆，我自己能回去。”
赤木直子被绫波丽这一声称呼弄懵了，以为是小孩子的无心之言，就还是保持温柔的语气说道“不能叫人家老太婆哦。”
但是凌波丽还是很倔强的说道“你就是老太婆。”
赤木直子看轻轻说几句没效果，有点生气了，“碇所长要是知道你这么乱说话可是会骂你一顿的。”
绫波丽却不以为意，继续说着，“提到你的时候，所长就是这么说你的。还说老太婆就是唠叨，老太婆没啥利用价值了。”
听完这一段说辞，再看着绫波丽那熟悉的容貌，赤木直子脸色苍白的意识到问题了。
回想起自己这么几年费心费力的满足碇源堂的一切要求，自己在碇唯失踪后抛下自尊的亲吻着安慰他，再听着绫波丽这几句话在脑海中不停的翻涌着。
赤木直子终于忍不住爆发了，面部狰狞并用手直接死死掐住绫波丽的脖子，大声吼道“即使你死了也会有替代品的，丽！！”
“你和我都一样！！！”
直到绫波丽身躯彻底不动了，赤木直子才反应过来自己干了什么，虚弱的渐渐松开自己的双手，然后抱头痛哭起来。
等到巡逻人员过来指挥所巡查的时候，才发现赤木直子博士从高处坠落，并且脑袋磕到BALTHASAR的主体上直接头破血流，当场死亡。
之后赤木律子根据组织上的命令，逐渐接手了她母亲的所有工作，并保持对MAGI系统进行维护。
同年，以人工研究所为核心的调查组织Gehirn也正式改名为特务机关NERV。
碇源堂成为国联直属的，以调查、研究、歼灭使徒为目的的NERV的司令，也是整个EVA开发计划的总负责人。此外，他亦是被称作“人类补完计划”的机密计划的责任者。