然而此时明贵州巡抚：江东之，下令明永宁卫指挥使：杨国柱，率3千明军进剿杨应龙但兵败被杀！
随后明神宗罢免了江东之以明都察院右副都御史：郭子章，代替又起用了明都察院右佥都御史：李化龙，为兵部右侍郎节制四川承宣布政司、湖广承宣布政司、贵州承宣布政司三地兵事，并调明四川总兵：刘綎、明大同总兵：麻贵、明广东都指挥佥事：陈璘、明蓟州总兵：董一元，南征众将在明湖广川贵总督：李化龙，的指挥下明军分兵八路进攻每路3万人。
明四川总兵进军綦江县连破楠木山和羊简台、三峒天险又打败杨朝栋所统的苗军，而巾帼英雄：秦良玉，与丈夫明石柱宣抚使：马千乘，率兵攻下金筑七寨同酉阳土司军一起攻下桑木关为南川路战功第一，其他几路明军也都取得胜利。
接着明四川总兵又攻占娄山关而杨应龙率苗军决一死战又败，这时明四川总兵占天险之地龙爪屯、海云屯、海龙囤与各路明军合围，又破大城县而杨应龙知道大势已去，便与妻妾自杀相继自杀，杨朝栋则被俘明军入城〖播州之乱〗被平定，到此万历三大征结束。
此刻住在河南承宣布政司开封府汜水县会客楼的吴俊振，听完马维的讲述之后吴俊振点起了房中的蜡烛，他继续问道“那后来建奴又是怎样反我大明的呢？”
于是马维又继续介绍下去在明万历三十四年公元1606年再次上任的明辽东总兵：李成梁，因守不住东边建州八部之一董鄂部放牧地的宽甸六堡，故此下令放弃六堡将八百里地内迁那里的六万户百姓入抚顺守御千户所，又命令辽东明军后退三十里！
此举被明兵科给事中：宋一韩，与明都察院御史大夫：熊廷弼，两人得知立刻上奏弹劾并大骂明辽东总兵，但明神宗觉得李家为大明尽职尽责还是支持明辽东总兵的做法，幸亏女真族各部有才能的首领全部死去，不然入侵抚顺守御千户所是必然的事，不过佟努尔哈赤也趁机把势力扩张到了明军防线，并借此机会又去京城朝贡大明天子表示守卫边疆的忠心。
明万历三十五年公元1607年佟努尔哈赤借机讨好明辽东总兵，并以辉发女真贝勒：纳拉·拜音达理，兵助叶赫以及聘我二女：佟嫩哲，而不娶为由亲自带兵征讨辉发女真部。
然而明建州左卫参将：钮祜禄·额亦都，向佟努尔哈赤禀报道“女真语：启禀贝勒爷那辉发部首府在地势险要的扈尔奇山城，又经拜音达理加固城墙易守难攻！若我建州大军一动可能他辉发军必然加强戒备闭门坚守强行？攻城虽然可以取胜但伤亡必然多，倒不如先派出几十名武士化装成辉发部人潜入城中，在里应外合那么扈尔奇山城可一鼓作气拿下。”
此举被佟努尔哈赤同意了，随后佟努尔哈赤率1万建州军离开赫图阿拉城，开始包围了辉发首府〈扈尔奇山城〉已在城外守候两天的明建州左卫参将来到佟努尔哈赤大帐内说道“女真语：伏兵已进城二日，各项工作已完成可以攻城了。”
于是建州大军攻入城内灭了辉发女真部，在班师回去时又遇东海女真瓦尔喀部蜚悠城主：台楚噜·策穆特黑，前来投降建州女真并说道“女真语：我在投奔乌拉女真部后，屡次遭到乌拉贝勒：纳拉·布占泰，的羞辱希望可以归附建州女真三卫？”
佟努尔哈赤就命令明建州右卫指挥使：舒尔哈齐、佟努尔哈赤长子明建州左卫指挥同知：佟褚英、次子建州左卫指挥佥事：佟代善、以及明建州卫指挥同知：瓜尔佳·费英东、明建州卫指挥佥事：佟佳·扈尔汉、明建州卫镇抚：舒穆禄·扬古利，等将领率3千建州女真兵即刻赶至蜚悠城收服部众。
乌拉女真贝勒得知消息后就派叔叔：纳拉·博克多，率1万2千乌拉兵前往截击因明建州右卫指挥使与乌拉贝勒有姻亲关系，所以与明建州右卫参将：郭络禄·常书、明建州右卫游击：瓜尔佳·纳齐布，停在山上按兵观望。
当时大雪纷飞明建州卫指挥佥事与明建州卫镇抚分兵保护投奔之部民后，又率2百建州骑兵与乌拉军先锋在（乌碣岩）展开激战，此战建州军斩杀乌拉军3千人得马匹5千、甲3千大获全胜进一步地削弱了乌拉女真实力，也打通了建州通往乌苏里江流域以及黑龙江中下游之路，对后来招抚野人女真起到了重要作用。
建州女真军回到都督府「赫图阿拉」之后佟努尔哈赤以明建州右卫指挥使按兵不动故此被削去贝勒爵位！他带着长子明建州右卫指挥同知：爱新觉罗·阿尔通阿、三子明建州右卫镇抚：爱新觉罗·扎萨克图，商议另立门户与佟努尔哈赤分庭抗礼，并迁居到〈黑扯木〉这里属于大明帝国的重镇铁岭卫附近可以依靠明军保护，东面又是乌拉女真部方便能联系到盟友，而明辽东总兵看准时机与明建州右卫指挥使联姻让二子明宁夏右屯卫总兵：李如柏，娶爱新觉罗.娥恩哲，为妻从此两家关系友好。
明万历三十六年公元1608年明建州左卫指挥同知：佟褚英、明建州左卫指挥佥事：佟代善，明建州右卫指挥佥事：爱新觉罗·阿敏，率5千人攻*拉女真部的（宜罕阿林城）斩杀乌拉1千人俘虏3百人，并再次朝贡大明帝国这回佟努尔哈赤派出了357人，向明神宗交代了攻*拉女真部之事，并忽悠的说“启奏天皇帝陛下，都是乌拉部故意挑起战争，我军才不得不攻*拉部！这些女真家务小事臣定会处理好的不劳烦天皇帝陛下操心了。”
此时佟努尔哈赤为了不让自己假名字的事被明建州右卫指挥使公布，就劝说他取消自立为王的念头重归建州女真但被拒绝，终于佟努尔哈赤决定先下手杀了明建州右卫指挥使的两个儿子（阿尔通阿、扎萨克图）以及明建州右卫总旗：纳拉·武尔坤。
尽管如此佟努尔哈赤依然余怒未消，仍打算继续杀他的次子：阿敏，但在佟努尔哈赤第八子：佟皇太极，的极力求情下阿敏才逃过一劫不过他的一半家产被没收，就连出兵反击的明建州右卫指挥使也兵败被佟努尔哈赤囚禁到死！
明万历四十年公元1612年各大御史大夫、公卿大臣们纷纷上奏称要面见皇帝陛下，众臣跪在乾清宫门前说道“陛下已经久不上朝与臣同事、时间一久谁还知有陛下啊？况且各部的官员缺的缺、少的少有些几乎没人担任官职长此以往必出祸事啊！”
但明神宗还在为之前（国本之争）立恭恪皇贵妃：郑氏，之子明福亲王：朱常洵，的事生群臣们的气，而且群臣经常在朝堂上辱骂他，这是明神宗最受不了的。
同时乌拉女真贝勒为了报仇就联合了漠南蒙古科尔沁部，率骑兵攻打建州女真部所属的虎尔哈路，而佟努尔哈赤则率第五子明建州卫总旗：佟莽古尔泰、明建州卫游击：第八子：佟皇太极，亲征乌拉女真部沿乌拉河南下连夺河西六城，后兵临乌拉城下佟努尔哈赤命令建州军攻破乌拉城北门焚其粮毁其城门。
乌拉贝勒见势不妙再度求和，他乘独木舟到乌拉河中游向佟努尔哈赤叩首请罪求宽恕，而佟努尔哈赤在痛斥乌拉贝勒的种种罪状后，决定给他一次机会撤军返回建州。
随后乌拉贝勒就将怒火转移到了两位建州女真妻子身上，把佟努尔哈赤之女：佟穆库什、佟努尔哈赤侄女：佟额实泰，以箭射向她们又将她们囚禁起来。
明万历四十一年公元1613年佟努尔哈赤以背盟、囚妻、送人质于叶赫女真部等理由，指责乌拉女真部贝勒然而亲率明建州左卫指挥佥事、明建州右卫指挥佥事、明建州卫指挥同知、明建州左卫参将、明建州左卫游击：觉尔察·安费扬古、明建州左卫总旗：董鄂·何和礼、明建州左卫千总：佟佳·扈尔汉，等将领率3万建州军再征乌拉女真。
一路杀去建州军势如破竹连下三城，使得对乌拉贝勒不满的贵族们纷纷加入建州讨伐军中，导致乌拉军孤立无援！部民均望风而降只有乌拉贝勒率3万军队驻守（伏尔哈城）决定与佟努尔哈赤决一死战，双方厮杀开来乌拉军大败兵马十损六七成！
建州军又一鼓作气直奔乌拉城杀去，乌拉贝勒令次子：纳拉·达拉穆，率兵防守但被建州军登城而入，佟努尔哈赤坐在西门城楼上两旁竖起大明建州三卫的（朱雀旗帜），乌拉贝勒见大势已去麾下之兵已不满百人！就跑去投奔叶赫女真部。