看到明东征提督：李如松，如此神勇神武，让明军将士们瞬间士气大振，继续浴血奋战，双方又打成了僵局。
在这个紧要关头，从马山馆撤下来救援的明东征左副总兵：杨元、明东征左副总兵左参将：郑文彬、明东征左副总兵监军：王鲁希，率领的援军终于赶到了，从倭军尚未合拢的北面一气杀入，为被困的明军们打出了一条后退的生路。
这支援军带有自己本部的一千骑兵。
此时明东征提督觉得反击的机会来了，他并没有打算撤退，而是继续试图整军出击，但幕府治部少辅：吉川广家、幕府代总大将：户川达安、幕府三河守：吉见元赖、幕府左卫门佐：天野五郎兵、幕府右兵卫尉：三吉殿、幕府周防守：佐波殿，等倭军将领纷纷上前夹击。
这让明军有些招架不住了！毕竟没带火炮以及火箭、战车，故此明东征提督见倭军势大，一时间不能抵挡。
而仅在明军后方跟随的李氏朝鲜都元帅：金命元，则带领一百名李氏朝鲜军队负责观战，全程不敢参与作战，与李氏朝鲜京畿右道防御使：高彦伯，汇合之后开始远处放箭。
很快明军就向北方的惠阴岭撤退，在被倭军追击了一段路后，亦于酉时回到了王京，至此「碧蹄馆之战」画下序幕。
战乱过后，明东征提督通过审问倭军俘虏以及截获李氏朝鲜文书中所得情报，重新估计了一下倭军人数，他断定李氏朝鲜官员说谎，并且还发现→射伤我之家丁及马匹者，俱是尔国之箭！
这充分的说明了，有李氏朝鲜人在帮助倭军作战，让他非常失望。
正月28日，明东征提督在上报战况给朝廷兵部怒斥李氏朝鲜的文书后，便返回了临津江重新布防。
2月初6日，明神宗：朱翊钧，为了堵住群臣的嘴稳定局面，也想把明皇三子：朱常洵，留在京中暂不封为亲王就藩，便下诏暂停三位皇子并封王之皇命。
2月14日，跟随入李氏朝鲜王国作战的明南镇抚司锦衣卫指挥使：史世用，派出的南镇抚司锦衣卫队侦查，得到情报称；李氏朝鲜京畿右道汉城府王京内，有倭军二十万人，且声言幕府关白：丰臣秀吉，欲要亲自出征李氏朝鲜王国？
为此明东征提督当即下令诸将们，分布在各处要害之地，扼守大同江等处，又得知幕府兵库小允：平秀嘉，占据了龙山县，囤积仓米数十万石，而龙山大仓本为李氏朝鲜王国的大仓，里面囤积了李氏朝鲜王国数十年的粮食。
在京畿右道汉城府被倭军占领后，龙山大仓就成为了汉城府倭军的军粮库，后来倭军运来的粮食都存放于此地。
明东征提督得到了这一情报后，即刻密令明辽东总镇右副总兵：查大受，明御倭副总兵：李如梅，率领敢死队7百名勇士，深夜奇袭龙山大仓。
十三座大仓，数十万石粮食，一夜之间尽被焚烧得干干净净，军粮一失让李氏朝鲜王国半岛的倭军们全线进入被动状态，陷入到了前所未有的困境之中
倭军不得已，于4月18日彻底搜刮不到粮食之后，商议决定撤离京畿右道汉城府王京，退守尚庆左道庆州府釜山浦地区。
在侵朝倭军退出王京之后，明东征提督就遣将分扼要害，以明东宁卫右参将：李宁、明辽东总镇左副总兵：祖承训，据守在京畿右道开府城，明东征左副总兵：杨元，据守在平安西道平壤府，明东征右副总兵：李如柏，据守在咸镜北道宝山县、明辽东总镇右副总兵：查大受，据守在黄海左道临津江一带，明四川副总兵：刘綎，据守在尚庆左道庆州府釜山浦海口，李氏朝鲜王国战局至此略定。
4月20日，明辽东经略：宋应昌，明东征提督：李如松，两人商议之后决定再派明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，前往倭军大本营中议和。
临行前明辽东经略特意交待道“此间和议，汝既专主，吾不当欺李氏朝鲜，亦不敢诬朝廷，尔须率策士五人，领倭众归幕府，受关白降书以来，本部院得此，定会转奏，请旨册封关白为郡王，使之进贡，勿令误事。”
由此可见，明辽东经略赋予了明御倭游击将军与幕府交涉的目地，一是要求倭军从李氏朝鲜王国撤兵，二是要求幕府关白向大明帝国送来投降书。
而作为大明回报的条件，则是册封幕府关白为幕府国大明郡王，同时准许幕府向大明进行朝贡贸易。
恰好幕府关白也是这么想的，觉得既然拿不下李氏朝鲜王国，又有地方战乱尸体没有处理，还与明军们死磕也不是办法！只能采取休养生息之策，便也同意了双方再次议和。
这次和谈，在5月16日有了初步的结果，由于明辽东经略与明东征提督继续率军南下压境，驱除倭军出全罗左道南原郡、尚庆右道晋州牧，迫使倭军主力从庆州府釜山浦移驻到熊川郡西生浦。
为了不被明军追击，倭军方面同意释放被俘虏的李氏朝鲜庶长子临海大君：李珒，李氏朝鲜庶六子顺和大君：李，这两位王子和李氏朝鲜兵曹判书：黄廷彧，等人。
同时幕府关白还派遣了幕府飞驒守：小西飞（内藤如安）跟随明御倭游击将军前来大明帝国落实议和事宜，但幕府关白开出的议和条件，却是要大明帝国嫁公主殿下入幕府成为幕府后阳成天皇：周仁，为皇妃。
以便于恢复大明、幕府之间的朝贡贸易，两国大臣为通好共立盟誓，在归还占据的李氏朝鲜王国北部四道，同时割让李氏朝鲜王国京畿左右道南半部和全罗左右道、忠清左右道、尚庆左右道，给幕府管理。
并且还要求李氏朝鲜郡王派遣王子以及一两位大臣到幕府为人质，李氏朝鲜重臣还要向幕府书写不违背和约的誓词。
没想到此举竟然被当朝的明兵部尚书：石星，给全盘默认答应了。
7月初1日，明神宗下诏撤回明东征提督：李如松，大军离开李氏朝鲜王国归大明，只留下明四川副总兵：刘綎，以及明蓟州镇左参将：吴惟忠，所统之兵合计共有；七千六百人，分守在各处要塞之地。
但由于明兵部尚书一意主议和，欲封贡幕府，明神宗便下令让明御倭游击将军再次赴倭军大营议和。
为此明神宗再令撤回明蓟州镇左参将等兵，以减少军饷开支，只留明四川副总兵继续防守李氏朝鲜王国军务，对此大明朝臣们多持异议，均认为倭情未定，不宜急早撤兵过多！更不宜急于议和加以封贡。
然而幕府飞驒守在抵达李氏朝鲜王国京畿右道汉城府王京和平安西道平壤府后，却一直滞留于两地，始终得不到明御倭游击将军回信，有关于要他前往大明帝都北直隶京畿紫禁城的消息？
为此幕府第一军左副将：小西行长，还曾专门致书给明御倭游击将军，提道“大和语：吾国差来先锋丰臣行长谨白天朝游击将军沈老爷麾下，麾下去岁八月二十有九日会于平壤府外所约，麾下之言变，而仆之言不变，其件件书以备历览，第一件去岁平壤府西北分界，是以倭人不过界，麾下如何制之乎李氏朝鲜超界变约之事、第二件麾下于青石镇有坠马之失，故误来期，虽然医疗得俟渐顷日顺安云云，因兹或为问安，或为延接，差仆小臣：竹内吉兵卫，则擒渠不还，出兵围攻平壤府之事、第三件麾下再到汉江讲和之日，诸将皆不信之，仆独取信，从麾下之言，引兵退王京，遗二十余万粮物不烧灭之，长途所筑之倭营，亦不能损灭，而收兵于浦浦之事、第四件李氏朝鲜二国胤及陪臣等从汉江所约送还之事、第五件因与麾下相约不出兵于全罗左右道，至今日其安稳之事、第六件与麾下相约之者，是携小将飞驒守赶赴京师，直闻石尚书口中之言，重导大官天使来者不出三四个月，且又每隔二十日通书信云云，虽非至今日，未通一书，飞弹亦久留王京，然后居平壤府，不达帝都，徒送光景，仆信麾下之言，奏报大阁下，今殿下差飞弹从麾下，如斯者不知如何之事、第七件差译官法释打护送二天使到达王京之日，即送还云云，盖是二天使之言也，定达贵厅，何不送还而留之乎？纵留之亦从飞弹者，是理也，在别处者如何之事，右七件皆麾下违约，而仆毫无违约者，孰谓之虚诞乎？”
由此可见幕府第一军左副将给明御倭游击将军的主信，是责备他未能履行双方约定。
却不曾想明御倭游击将军，想都不想就直接一口气全部答应下了，这七条丧权辱国的要求！只对幕府第一军左副将说道“大和语：你们必须先撤兵，在遣使到我大明帝国赔罪就行了，当今陛下定会封关白殿下为郡王的。”
可话虽如此但明御倭游击将军，却对同行的明金州卫左参将：谢用锌、明海州卫游击将军：徐一贯，等人慌称幕府关白已同意向大明帝国称臣并请求封贡，并且还下令退出所有的幕府倭军。
随后幕府第一军左副将，立刻写信给幕府关白汇报道“大和语：明国使者已经同意了臣提出的请求，现在只需要派遣使者与明使一同前去明国帝都紫禁城，让大明皇帝批准实行即可。”
此事传回来幕府国内后，幕府关白收到书信当场大喜，他立刻就同意了，这所谓的〈龙山协议〉其实就是鸡同鸭讲！明御倭游击将军：沈惟敬，利用大明群臣不懂大和语，用来瞒天过海，而幕府第一军左副将则想利用幕府关白不懂汉字来欺骗他。