其三；是内部不和，大明南军和北军的矛盾，从平壤府之战中，明蓟州镇左参将：吴惟忠，率蓟州镇步兵（北军）首先攻克了北门牡丹峰，而明京军神机营左参将：骆尚志，则率浙江都指挥使司步兵（南军）首先破城，就连李氏朝鲜王国的文献上也认为大明南军轻勇敢战，是破平壤府大捷的关键。
但是明东征提督：李如松，却在给朝廷上报的文书中，把破城的首功记在了自己的嫡系明东征左副总兵：杨元、明东征右副总兵：李如柏，这两位北军将领的头上，才招致了南军将领们的不满。
4月20日，明辽东经略：宋应昌，明东征提督：李如松，两人商议之后决定再派明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，前往倭军大本营中议和。
临行前明辽东经略特意交待道“此间和议，汝既专主，吾不当欺李氏朝鲜，亦不敢诬朝廷，尔须率策士五人，领倭众归幕府，受关白降书以来，本部院得此，定会转奏，请旨册封关白为郡王，使之进贡，勿令误事。”
由此可见，明辽东经略赋予了明御倭游击将军与幕府交涉的目地，一是要求倭军从李氏朝鲜王国撤兵，二是要求幕府关白向大明帝国送来投降书。
而作为大明回报的条件，则是册封幕府关白：丰臣秀吉，为幕府国王〈大明郡王〉，同时准许幕府向大明帝国进行朝贡贸易。
恰好幕府关白也是这么想的，他觉得既然拿不下李氏朝鲜王国，又有地方战乱尸体没有处理爆发了疫情，还与明军们死磕也不是办法！只能采取休养生息之策，便也同意了双方再次议和。
这次和谈，在5月16日有了初步的结果，由于明辽东经略与明东征提督继续率军南下压境，驱除倭军出全罗左道南原郡、尚庆右道晋州牧，迫使倭军主力从庆州府釜山浦移驻到熊川郡西生浦。
为了不被明军追击，倭军方面同意释放被俘虏的李氏朝鲜庶长子临海大君：李珒，李氏朝鲜庶六子顺和大君：李，这两位王子和李氏朝鲜兵曹判书：黄廷彧，等人。
同时幕府关白还派遣了幕府飞驒守：小西飞（内藤如安）跟随明御倭游击将军前来大明帝国落实议和事宜，但幕府关白开出的议和条件，却是要大明帝国嫁公主殿下入幕府成为幕府后阳成天皇：周仁，为皇妃。
以便于恢复大明、幕府之间的朝贡贸易，两国大臣为通好共立盟誓，在归还占据的李氏朝鲜王国北部四道，同时割让李氏朝鲜王国京畿左右道南半部和全罗左右道、忠清左右道、尚庆左右道，给幕府管理。
并且还要求李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，派遣王子以及一两位大臣到幕府为人质，另外李氏朝鲜重臣还要向幕府书写不违背和约的誓词。
没想到此举竟然被当朝的明兵部尚书：石星，给全盘默认答应了。
另一边在大明帝国的西南方，一股势力正在慢慢崛起，由于统治四川承宣布政使司播州宣慰使司7百多年的杨氏，早已是雄踞一方，而且此人好斗嗜血，还动辄杀戮村民，并巧取豪夺周边中小土司们的财物。
甚至因宠妾的诬告，又将自己的正妻：张春花，给斩杀了！让张氏的娘家〈五司七姓〉家族者们愤恨不已，以此为由，五司七姓家族们纷纷写奏折上报朝廷，向大明皇帝弹劾明播州宣慰使：杨应龙，之过错。
但都一一被朝廷给镇压下来了，毕竟抗倭需要军队，恰好明播州宣慰使又自告奋勇愿亲率五千播州军赴朝讨倭，以便将功赎罪，考虑正是用人之际，播州军又有强大的战力，所以明神宗万历帝：朱翊钧，才答应了他的请求。
可在得知倭军已被先期入朝的明军击溃，才让明播州宣慰使将功赎罪的希望泡汤，而他又认为整个四川都指挥使司的明军弱不经战，对此非常轻视，久欲占据整个四川承宣布政使司准备独霸一方。
他的居所全是雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝的行为了。
再加上朝廷又一而再，再而三的勘查，让他终于失去了耐心，他将前来勘问的朝廷官员一律轰了出去，并且抗命不出不配合调查。
于是明四川巡抚兼都察院左都御史：王继光、明固原卫总镇总兵：刘承嗣，分路出兵四川承宣布政使司准备强行拘捕明播州宣慰使。
但是其兵锋刚抵达楼山关，就遭遇到了明播州宣慰使的投降？使得明军犹豫不决播州军趁着明军不备，暗地里遣兵夺关冲杀明军，导致明军大败死伤过半！
随后明四川巡抚被革职查办，朝中官员纷纷表示要严惩杨氏，不过眼下倭情未定，明神宗决定不再生事端。
7月初1日，明神宗下诏撤回明东征提督：李如松，大军离开李氏朝鲜王国回归大明帝国，只留下明四川副总兵：刘綎，以及明蓟州镇左参将：吴惟忠，所统之兵合计共有；七千六百人，分守在各处要塞之地。
但由于明兵部尚书一意主议和，欲封贡幕府，故此明神宗便下令让明御倭游击将军再次赴倭军大营议和。
为此明神宗再令撤回明蓟州镇左参将等兵，以减少军饷开支，只留明四川副总兵继续防守李氏朝鲜王国军务，对此大明朝臣们多持异议，均认为倭情未定，不宜急早撤兵过多！更不宜急于议和加以封贡。
然而幕府飞驒守在抵达李氏朝鲜王国京畿右道汉城府王京和平安西道平壤府后，却一直滞留于两地，始终得不到明御倭游击将军回信，有关于要他前往大明帝都北直隶京畿紫禁城的消息？
为此幕府第一军左副将：小西行长，还曾专门致书给明御倭游击将军，提道“大和语：吾国差来先锋丰臣行长谨白天朝游击将军沈老爷麾下，麾下去岁八月二十有九日会于平壤府外所约，麾下之言变，而仆之言不变，其件件书以备历览，第一件去岁平壤府西北分界，是以倭人不过界，麾下如何制之乎李氏朝鲜超界变约之事、第二件麾下于青石镇有坠马之失，故误来期，虽然医疗得俟渐顷日顺安云云，因兹或为问安，或为延接，差仆小臣：竹内吉兵卫，则擒渠不还，出兵围攻平壤府之事、第三件麾下再到汉江讲和之日，诸将皆不信之，仆独取信，从麾下之言，引兵退王京，遗二十余万粮物不烧灭之，长途所筑之倭营，亦不能损灭，而收兵于浦浦之事、第四件李氏朝鲜二国胤及陪臣等从汉江所约送还之事、第五件因与麾下相约不出兵于全罗左右道，至今日其安稳之事、第六件与麾下相约之者，是携小将飞驒守赶赴京师，直闻石尚书口中之言，重导大官天使来者不出三四个月，且又每隔二十日通书信云云，虽非至今日，未通一书，飞弹亦久留王京，然后居平壤府，不达帝都，徒送光景，仆信麾下之言，奏报大阁下，今殿下差飞弹从麾下，如斯者不知如何之事、第七件差译官法释打护送二天使到达王京之日，即送还云云，盖是二天使之言也，定达贵厅，何不送还而留之乎？纵留之亦从飞弹者，是理也，在别处者如何之事，右七件皆麾下违约，而仆毫无违约者，孰谓之虚诞乎？”
由此可见幕府第一军左副将给明御倭游击将军的主信，是责备他未能履行双方约定。
却不曾想明御倭游击将军，想都不想就直接一口气全部答应下了，这七条丧权辱国的要求！只对幕府第一军左副将说道“大和语：你们必须先撤兵，在遣使到我大明帝国赔罪就行了，当今陛下定会封关白殿下为我大明郡王的。”
可话虽如此但明御倭游击将军，却对同行的明金州卫左参将：谢用锌、明海州卫游击将军：徐一贯，等人慌称幕府关白已同意向大明帝国称臣并请求封贡，并且还下令退出所有的幕府倭军。
随后幕府第一军左副将，立刻写信给幕府关白汇报道“大和语：明国使者已经同意了臣提出的请求，现在只需要派遣使者与明使一同前去明国帝都紫禁城，让大明皇帝批准实行即可。”
此事传回来幕府国内后，幕府关白收到书信当场大喜，他立刻就同意了，这就是所谓的〈龙山协议〉其实就是鸡同鸭讲。
明御倭游击将军：沈惟敬，利用大明群臣们不懂大和语，想用来瞒天过海，而幕府第一军左副将则想利用幕府关白不懂汉字来欺骗他。
此时明四川副总兵：刘綎、明中军都督府署都督佥事：陈璘，率领的明军负责切断幕府倭军的粮道和官道，让幕府倭军不得不放弃反击京畿右道汉城府王京的计划。
同时幕府水师军队为了与李氏朝鲜水师进行决战，幕府水师忽然在尚庆右道巨济岛一带集结，准备兵分三路向李氏朝鲜水师发动进攻。
而李氏朝鲜全罗左道水军节度使：李舜臣，则将其全罗左道的舰队和尚庆右道的部分舰队组成联合舰队，准备迎战幕府倭军。
7月初6日，李氏朝鲜全罗左道水军节度使进兵出唐浦附近水域，并于7月初7日卯时，将集结于尚庆右道巨济岛的幕府水师，全部引至尚庆右道闲山岛附近水域决战。
之所以选择在此地决战，是因为这里有较为宽阔的深水环境，易于设置埋伏，可以向幕府舰队进行包围歼灭。
在决战开始不久后，李氏朝鲜水师的战船便将幕府水师包围起来，而李氏朝鲜水师的龟甲船还向幕府倭军水师舰队直撞过去，很快便撞翻了倭军舰队前列的几艘大船。
其余李氏朝鲜水师战船们也在奋勇杀敌，与敌作殊死血战，结果倭军的61艘战舰被全歼，这就是闻名于世的「闲山岛大捷」。