就这样贝勒们均主动请求退出并坐，立即就得到了后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，的允准。
明崇祯五年公元1632年正月初1日元旦，在朝贺中，后金天聪汗接受了后金礼部参政：李伯龙，的建议，废除了与三大贝勒俱南面坐、共理朝政的旧制，改为自己南面独坐，以突出汗位独尊地位。
正月初2日，明叛将：孔有德、耿仲明、李九成，又从莱州府潍县、昌邑县、平度州，逐渐逼近登州府，明登莱总兵：张可大，连忙请示出击抵抗。
随即明山东总镇巡按：王道纯、明山东总督：刘宇烈，则主张围剿便领兵列阵准备迎敌。
而明登莱巡抚：孙元化、明山东总镇巡抚：余大成、明武英殿大学士：周延儒、明兵部尚书：熊明遇，也主张安抚，认为眼下叛军造反不可武力镇压。
正月初3日，就在官员们商议剿抚之时，叛将：耿仲明，已经率军入登州府莱阳县、栖霞县，并且逼近登州府首府蓬莱县、登州卫，一带地区。
还找到机会，私下联系明东江镇坐营右参将：张焘，而这张参将部下又与明叛将：孔有德，曾是好友，其麾下将领军士都是熟人，因此张参将部下的兵卒们，也随即投入到明叛将：孔有德，行列当中。
在叛军们攻打登州卫城门时，还故意打开城门响应明叛将：孔有德，做到里应外合，一起夺取了登州卫城池，城内守军们7千人（登州卫明军6千人、援军1千人）全被明叛将：孔有德，给收编还获得马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十门、西洋炮三百门。
明叛将：孔有德，还以此募兵，叛军吸纳了诸多乌合之众，一度扩张至十万人规模。
在叛军们入城之后，立即抓捕了自尽未遂的明登莱巡抚：孙元化，以及明山东提刑按察使司佥事兼辽海监军道：王徵、明登州府知府：吴维城、明登州府同知：贾名杰、明蓬莱县知县：秦世英，等人。
叛军们又在登州卫城内抓捕到了明东江总镇总兵：黄龙，的母亲、妻子及幼子，明叛将：孔有德、耿仲明，还拿黄母头上的金簪，并派人前去东江镇招降黄总镇总兵。
正月初4日，明登莱巡抚：张可大，因抵抗不住叛军最后弹尽粮绝，逃到杨家店巡检司自知已无退路，便解下佩印交付部下，还写信给母亲，并杀其妾：陈氏，自缢而死。
同时叛军将领们面见曾经的上司，明登莱巡抚：孙元化，这位上司对孔有德等叛将们有恩，也不想他们继续走上叛逆之路，便晓以利害深明大义，希望叛将他们能够早些回心转意，请求朝廷的招安。
本来他们也没犯什么大事，而且眼下辽东都指挥使司也需要军事将才，因此孙巡抚亲自写信上报朝廷诏安。
正月20日，在孙巡抚联系官员们提议诏安之时，叛军们也来到了东江镇境内，面对叛军使者送来的母亲金簪，让明东江总镇总兵泪如雨下，却只是对着金簪跪拜，坚绝不降。
正月27日，与明叛将：孔有德，交好的明金州守御千户所左参将：陈有时、明广鹿岛左参将：毛承禄（前任明东江总镇总兵：毛文龙，族子，非亲生子）也一起兵响应，该部一举发展为七八千人的大军。
还一度割据了半个皮岛，企图与山东承宣布政使司叛军们南北呼应。
吓得明东江总镇总兵：黄龙，急忙派遣明东江镇水营游击将军：尚可喜、明大长山岛左参将：金声桓，等将领安抚平定诸岛。
叛将：陈有时、毛承禄，等招架不住东江镇与皮岛部附近水师明军夹击，不得已南下败走山东承宣布政使司登州府，企图与叛军主力会合，仅留下明金州守御千户：高成友，驻守以阻断关宁军、天津三卫，两镇来的援军，为叛军们赢取时间。
随即明东江总镇总兵就调动明麻洋岛游击将军：李维鸾，协同明东江镇水营游击将军：尚可喜，等将领一举把金州守御千户所给击破。
并立即移军驻扎在金州守御千户所，让援军们得以通畅。
紧接着明叛将：孔有德、耿仲明，又转而想诱降黄总镇总兵十二岁的幼子：黄大喜，想通过小孩来胁迫黄总镇总兵投降。
但黄大喜却很有气节，年轻虽小却敢破口大骂孔、耿二人，结果下场很惨，当即被杀，人头落地，黄母、黄夫人也随之被害。
2月初1日，明叛将：孔有德，采用叛将：耿仲明，之计尽放明登莱巡抚：孙元化、明山东提刑按察使司兼辽海监军道：王徵，等人回朝提诏安之事。
2月13日，地方都司衙门以及朝廷本来也同意诏安计划了，但怎奈明山东总镇巡按：王道纯，却私自藏匿了诏书，导致叛军们长时间求诏安不得！
不仅如此明山东总镇巡按还下令地方军，趁机袭击叛军，将乱事扩大化。
叛军们在登州卫竖起「替天行道」的大旗，他一面引诱辽东都指挥使司沿海军民加入，一面又向四周积极扩张，兵锋直指山东都指挥使司，另一处重镇〈莱州府〉。
因此叛军们就从登州府招远县入莱州府首府掖县、莱州卫，一带地区与守军抗战，新任的明登莱巡抚：谢链，与新任的明山东总镇巡抚：徐从治，等人一起防守。
3月12日，后金天聪汗趁着大明帝国内乱之际，第二次集结大军下令远征西部的漠南蒙古察哈尔部，还传令归顺后金汗国的漠南蒙古各部速率本部兵马前来汇合，一同出征。
3月21日，明山东总督：刘宇烈，联合明蓟州总镇总兵：邓玘、明密云中卫左参将：牟文绶，以及四川都指挥使司（川军与土司兵），等军队前往莱州府救援。
总计调集了援军2万5千人，外加6门红夷大炮，但明山东总督却不懂军事，居然逐次把兵力投向战场，犯了兵家大忌优势。
这还不算最糟糕的，待援军们走至北直隶顺德府沙河县，众将们以及朝廷均商议要安抚叛军，而这刘总督居然还用弱旅来运送红夷大炮。
结果在过了山东承宣布政使司东昌府进入济南府长山县时，就被叛军们绕到后方偷袭，截获了6门红夷大炮，这一炮没放就这样全都资敌了，大量的辎重、火器也都全被叛军们收缴。
叛军们还利用这些物资跟火器反击，打得明山东总督麾下的2万5千人，丢盔弃甲只剩6百余人逃到了青州府首府益都县、青州左卫境内与衡亲王府驻军打算下一步计划。
明衡宪亲王：朱常，庶第三子明镇国将军：朱由棷，让援军们前去莱州府昌邑县议和，就连明莱州府推官：屈宜阳，也请求要入明叛将：孔有德，军营内议抚。
结果明叛将：孔有德，以礼相待这让明山东总督又以为叛军可以招抚，便请示朝廷，而叛军们则乘其不备，突然攻城导致明军大败！
4月10日，漠南蒙古科尔沁部、漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部、漠南蒙古内喀尔喀巴林部、漠南蒙古奈曼部、漠南蒙古敖汉部、漠南蒙古喀喇沁部（哈喇慎部）、漠南蒙古河套土默特部、漠南蒙古阿鲁科尔沁部、漠南蒙古翁牛特部、漠南蒙古阿苏特部，等漠南蒙古诸部的台吉、贝勒们汇聚于西拉木伦河岸。
再加上后金天聪汗本部主力军队，总兵力约有10万兵马。
此时后金镶黄旗麾下，两个漠南蒙古人偷马逃出，将后金天聪汗正率兵大军压境的消息报告给漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），让他做好御敌准备。
不过眼下漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗刚入侵了大明帝国边界万全都指挥使司长城一带，正驻帐于万全都指挥使司宣府镇边外［归化城］。
他听说事情后非常震惊，因为大明信王崇祯帝：朱由检，拒绝贡赏导致漠南蒙古察哈尔部西迁以来实力大减，自己又入侵劫掠得罪了大明天子，少了友军的支持肯定招架不住后金蒙古联军进攻，而后金天聪汗这个老对手的儿子又穷追不舍。
因此为了保存兵力，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗立即下令率部继续西奔，后方的后金天聪汗则率领后金蒙古联军，分兵三路穷追漠南蒙古察哈尔部41天。
4月16日，明叛将：孔有德，在攻打莱州府时，明山东总镇巡抚：徐从治，组织军队在平度州、昌邑县一带驱除叛军，却在指挥作战中不幸被叛军炮弹击中要害牺牲殉国。
5月15日，后金天聪汗率领大军进驻到归化城时，在得知漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗已渡过黄河而去。
遂停止追击，转而下令攻打大明帝国万全都指挥使司从柴沟堡进入内地，过万全左卫、宣府前卫、宣府左卫、宣府右卫、保安州（保安卫）过延庆州走永宁县，避开永宁卫与延庆左卫彻底摆脱大明追兵，成功返回长城关外。
途中还收拢了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗所部遗众数万人，迫使漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗亡命到朵甘都指挥使司（青海蒙古土默特部），在逃难过程中部众大量流失。
7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。
连同王道纯一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。
7月10，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人。
其中明莱州府知府闻讯刚到叛军军营门口，就被明叛将：孔有德，下令将朱知府斩杀，并派兵冲出莱州卫指挥所内囚禁了明登莱巡抚，之后也被叛将：李九成，杀害。