7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。
连同王道纯等官员也一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。
7月10，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人还传令让明山东总督：刘宇烈、明山东总镇总兵：杨御蕃，也来招降。
其中明莱州府知府与明登莱巡抚，闻讯刚到叛军军营门口，就被叛将：李九成，残忍杀害。
此时莱州卫城内的杨总镇总兵，也果断下令向叛军密集处开炮，导致叛军们死伤累累，还上奏朝廷请求增援，并且断绝招抚念想！
然而面对明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两位官员的死，也让朝廷彻底认识到了招抚政策已经无效，不应该再对孔李二人抱有任何幻想，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，也打算全力征调精兵围攻叛军。
甚至还从辽东都指挥使司前线，抽调了2千战斗力强悍的关宁铁骑兵前来参与平叛。
8月13日，朝廷任命明都察院右佥都御史：朱大典，为〖山东总镇巡抚〗前来救援莱州府。
很快明山东总镇巡抚：朱大典，就率领数万兵马以及关中劲旅抵达山东都指挥使司德州卫、德州左卫，一带并迅速过济南府、青州府，在率军行进到莱州府昌邑县，就此几路援军们开始集合并誓师。
其中关宁军由明宁远卫总兵：金国奇、明内官监太监兼登莱监军：高起潜、明宁远卫左参将：靳国臣、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明宁远卫右参将：祖宽、明宁远卫镇抚使：张韬、明宁远卫游击将军：吴三桂、明抚宁卫镇抚使：刘良佐，等将领统帅大军总计2万5千兵马出击。
众将们首战迎敌便斩杀了叛将：陈有时，后又分兵三路，对多达十数万的叛军发起进攻。
先由明宁远卫总兵：金国奇，率部从中路进攻、再由明昌平州兼居庸关总兵领招抚提督：陈洪范，率部从南路进攻、明天津卫左参将：王之富，率部从北路进攻。
8月20日，明军们开始进兵山东承宣布政使司登州府黄县，叛军们不得已只能倾巢出战，却抵挡不住被关宁军与北直隶地区的卫所军进攻，叛军们很快就被打败。
9月初2日，大明帝国南方沿海地区海盗首领：刘香，连续攻打福建承宣布政使司、广东承宣布政使司沿海州府县地区。
其中明广州前卫都司：许当辰，率兵围剿海盗时不幸战死！朝廷便派明福建总镇巡抚：熊文灿，升任「两广总督」事务，并且商议是否要诏抚海盗首领。
毕竟明延平卫游击将军：郑芝龙，就是被朝廷所诏抚的海盗之一，因此明两广总督：熊文灿，决定再次采取诏抚政策。
而海盗首领：刘香，便佯沿海卫所引诱明军出来，结果明广州府兵备道兼广东海道副使：洪云蒸、明广州府兵备道兼广东海道佥事：康承祖、明广州府左参将：夏之本、明香山守御千户：张一杰，相继入得香山县宣谕，却被海盗首领给俘获。
当作与明军谈判的人质。
12月初9日，明军大举围攻登州卫，还和明青州府总兵：刘泽清，等人一起修建了长长的围墙，来围困住登州卫地界。
其城三面环山，一面临海，墙有三十里长，东西俱抵大海，由明将分番戍守，导致叛军们出不来，只能朝明军开炮反击。
按耐不住被动的叛将：李九成，率军出城与明军交战被击杀，成功打退了叛军，把他们给逼回了城内，气得明叛将：孔有德，当即就下令放弃登州卫逃入海中避难。
明成山卫指挥使：龚正祥，等将领正率水师驻扎于登州卫海上，在发现叛军们准备逃跑时，便趁着叛军们准备登船之际开炮，凿船乃至焚烧多余的海口船只。
却不料大风突起，海水涨潮导致水师明军阵营大乱，叛军们趁着向明军反击，并俘虏了被海水冲上岸的明成山卫指挥使，由于涨潮也暂时打消了出海念头。
明崇祯六年公元1633年2月13日，后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，以奉召失期、力保逃将：刘爱塔、出使李氏朝鲜王国受私馈、往明得胜堡议和而迟至。
这4条罪状为由，将后金镶红旗牛录额真：钮钴禄·库尔缠，给处死！
其主要原因还是煽动后金女真族人蓄发衣冠改穿汉服，学习汉文化，才遭到了后金天聪汗的毒手。
2月26日，在大明帝国山东都指挥使司登州卫，明叛将：孔有德，等叛贼正被围城，粮草弹药眼看断绝，但任然恃水城可逃，故不降。
明军久攻不下护城河，就开会商议最终采用了明抚宁卫镇抚使之策，以火药火炮炸城，待城垛崩塌之时，明天津卫左参将、明宁远卫右参将，等将领一拥而上夺其护城河城门。
由明鳌山卫副总兵：王来聘，率部首先登城作战，却受伤而死！
很快登城明军就控制住了城楼上下的叛军，明登莱监军：高起潜，还在登州卫郊外的挂傍山上筑建了一座炮台，开始用红夷大炮炮轰登州卫指挥所。
这让明叛将：孔有德、耿仲明，两人无奈只能选择弃城出海逃亡，城破明军俘虏叛军千余人，而叛军们仓惶自尽及投海死者不计其数。
在海上叛将：耿仲明，负责殿后拖住山东都指挥使司威海卫、登州卫、莱州卫、成山卫，四支水师明军的追击。
三天后叛将：耿仲明，才逃跑前去追赶孔有德，两人往东江镇与皮岛辖区避难，至此登州府孔李叛乱被平定。
另一边明东江总镇总兵：黄龙，得知叛军经过自己辖区时，当即就派遣了明东江镇水营游击将军：尚可喜，率领水师船队前去围堵叛军，但因追击叛军途中遭遇到了飓风，而导致部分船只失去了方向。
最终船只来到了登州卫码头时，又被明广宁左屯卫指挥使：祖大弼，坏疑是叛军余党，便下令士兵攻击。
打得尚游击措手不及，幸好明东江总镇总兵及时赶到搭救他们返回海上。
回到东江镇地界后，黄总镇总兵预计叛军们兵败后，有可能会从沙门岛、鼍矶岛、皇城岛，上岸去偷袭金州守御千户所、金州卫，因此早已传令将士们严阵以待。
还让明中协副总兵：周文郁，等将领配合对叛军穷追不舍。
3月10日，明军水师缴榜李氏朝鲜王国，要求李氏朝鲜平安东西道驻军，务必要拦截叛军北上联络东虏建奴的去路。
因此明军与叛军在鸭绿江卓山大战，击溃了叛军生擒叛军伪都司：毛有顺、毛承福、毛承禄、苏有功、陈光福，及其党高志祥等十六人，斩叛将：李应元，俘虏一千叛军，夺还妇女无数。
明东江镇水营游击将军：尚可喜，也因平叛有功，被提升为〔广鹿岛左参将〕。
3月13日，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，得知大明叛军游走于海防时，也暗自下令李氏朝鲜平安西道驻军出陆面出击，明军则在海上堵截，双方攻叛军于麻坨山。
两战皆大捷，吓得叛将：耿仲明，连忙派遣使者前去乞降，请修筑南关，以稳定辽东都指挥使司统治，表示自己愿意打头阵收复；复州卫、金州卫，地区以自赎。
但明东江总镇总兵不肯，认为这定是叛军诈降计，因此下令继续围攻，使得叛军们由西北逃遁，打算引起东虏建奴军队的反应。
眼下后金水师屯驻在马耳山下，扎营于镇江堡九连城内，明中协副总兵打算先发制人，派遣部将到马耳山下的下流，故布疑兵来个空城计，而且专等晚上天黑点燃火把引诱敌军。
很快东虏建奴闻讯，杀入空营内，明军则趁机点燃用事先准备好的枯草，使得整个军营火起，大雾让东虏建奴士兵不知去向，竟乱放箭自相残杀。
这事也惊动了李氏朝鲜平安西道都巡察使雒兴君：金自点，他亲自率军前来让李氏朝鲜吏曹左参议：李行远，奉书与明将交涉。
恰好此时后金使者正白旗牛录额真：他塔喇·英俄尔岱，来李氏朝鲜王国征收物资，就听说了九连城之事，还得知明军正在追击叛军，就致书李氏朝鲜郡王，请以叛将：耿仲明，送入后金军中为人质，并打算包庇孔有德他们。
为此明中协副总兵首先与李氏朝鲜雒兴君谈好了，抓到叛军将领一律送交明军处置，由于叛将：耿仲明，之前就曾投降过后金汗国，还官至千总。
还是从刘爱塔收复辽南四卫事件中，跟随辽民们一起逃回去皮岛的，他深知被抓回后金汗国可能会怕处死，因此自然是不敢轻易投降后金汗国。
这似乎也被后金天聪汗得知消息了，他连忙派兵前去接应，顺带收揽这支人马加入后金。
4月20日，叛军将领们带着家眷1万多人行军到鸭绿江口时，就与后金镶蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗、后金镶白旗台吉：爱新觉罗·阿济格、后金镶红旗贝勒：爱新觉罗·杜度，率领的后金军相遇。
双方相遇当即就被要求剃发归降，面对前有东虏建奴骑兵，后有明军水师以及李氏朝鲜追兵的情况下，孔有德首先同意投降。
随后不甘心的耿仲明也只得放下面子剃发投降，因此后金军才喝退了前来追击的明军、李氏朝鲜平安东道宁边大都护府联军。
投降之后的孔有德与耿仲明，带来了后金汗国急需的船队、红夷大炮以及工匠，所以后金天聪汗对他们的投降极为重视，亲自率领诸贝勒们出盛京外十里迎接。